基于农村合作基金会的合作性，农村合作基金会会员代表大会的议决机制为一人一票制，并以少数服从多数为原则。决议的效力须满足程序与实体两方面的要求，程序上须在会议召开前若干日将开会时间、地点、议项进行告知，会议的召开应有全体会员代表的二分之一以上出席方生效力，决议的通过，可根据决议事项的性质在章程中规定是采二分之一多数还是三分之二多数抑或是全体通过（以出席会议的代表为基数）方为有效。
　　会员代表大会可分为年会与临时会议两种，年会每年召开一两次，临时性会议由一定比例的会员代表、理事会、监事会提议时，或在章程规定的事由出现时，由理事会召集召开。
　　2、业务执行机关（对外代表机关）
　　农村合作基金会的业务执行机关（对外代表机关）为理事会。理事由会员代表大会选举产生，由自然人担任。理事应有任期限制，一般每届三年，连选可以连任。理事会设理事长一人，副理事长一至二人，理事若干人。理事长为农村合作基金会的负责人，可对外代表农村合作基金会，并代表农村合作基金会参加诉讼。理事会人数无定限，由会员代表大会根据具体情况自行决定，但以3至13人为宜。理事会的主要职责在于：（1）、筹备和召开会员代表大会；（2）、执行会员代表大会的决定和决议；（3）、向会员大会或会员代表大会报告工作，接受会员代表的质询、检查和监督；（4）、审议批准年度工作计划；（5）、制定和修改各项规章制度；（6）、审查和批准较大数额的资金投放业务；（7）、制订收益分配方案草案；（8）任免办事机构负责人；（9）其他事项。 ［8］
　　理事会采取会议议决制，决议事项采用多数决。理事会会议须全体理事的三分之二以上出席方可举行，经全体理事的二分之一以上同意方可作出决议。理事会会议分为常规会议和临时会议两种，常规会议每半年至少要召开一次，临时会议由三分之一以上理事或业务部主任提议召开，由理事长召集、主持，理事长因特殊原因不能履行该项职责时，可委托副理事长或其他理事召集、主持。
　　理事会下设业务部，作为承办农村合作基金会各项具体工作的办事机构。业务部同时也是理事会的执行机构，它由主任、副主任（也可不配）、会计员、出纳员、业务员、稽核员等若干人组成，其中主任、会计、出纳不得相互兼职。业务部各任职人员须具备一定的任职资格，即必须经过县级或县级以上农村合作基金会主管部门组织的统一考试、考核合格后，方可持证上岗。
　　业务部实行理事会领导下的主任负责制。业务部负责人由理事会推荐，乡（镇）人民政府审核，县级农村合作基金会主管部门审批。
　　业务部的主要职责是：执行理事会的决定和决议，对理事会负责并报告工作；开展农村合作基金会的日常业务工作；保障农村合作基金会的资金安全；做好业务部工作人员的日常管理、业务考核和奖惩等工作；等等。

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