虽然转基因技术的发展与应用非常迅速，但同时这项技术的争议也日益激烈。肯定观点认为，当今人类面临的难题之一就是要利用有限的资源生产出尽可能多的高质量食品，但目前人类、资源和环境之间的矛盾日益尖锐，资源和环境遭到了极大的破坏。而农业转基因技术的应用能大幅度地减少农业占用的自然资源和对生态环境的破坏。农业转基因技术不但可以大幅度提高农作物生产率，而且还能培育出抗干旱、耐盐碱、抗病虫和性状优良的农作物。农业转基因技术可保障农业的可持续发展，是解决世界温饱问题的根本途径。
　　同时科学研究表明转基因作物及其产品也有一系列的负面影响：抗虫基因作物减少了杀虫剂的用量，长期使用却可能强化害虫的抗药性，最终导致使用更多的农药；抗除草剂基因作物发生“基因污染”，可能强化野生杂草，从而扰乱生态系统的平衡；基因转移可能跨越物种障碍，破坏自然界物种的稳定性和纯洁性；转基因作物的大量种植可能改变自然的生物种群，破坏食物链，严重威胁生态环境；科学家还担心新型遗传基因和生物可能造成“基因失控”、“基因污染”，对生态环境发生难以预测的影响。
　　转基因食品的安全也受到重点关注：某些研究人员认为转基因作物可能增加食物原有的微量毒素，可引起人类急、慢性中毒或产生致癌、致畸、致突变作用；食物由于基因转移产生的新型蛋白质可能引发特定人群的过敏反应；转基因产品中的主要营养成分、微量营养成分及抗营养因子的变化，会降低食品的营养价值，使其营养结构失衡；另外还有抗药性问题被重点研究。虽然有不少科学证据提出转基因食品可以安全食用，但有关资料还远远不足以达到充分证明的程度，人们担心的是转基因食品也许含有长期严重危及健康的成分。3
　　近年来，我国也逐渐重视转基因产品的研究与开发，不少研究机构相继在水稻、大豆等作物上进行实验研究并且取得了可喜的进展。不过我国在转基因问题上坚持研究发展和预先防范并重的原则，因此商业应用的步伐比较慎重。迄今为止，农业部批准进行商业化生产的转基因生物只有6种。4
　　转基因产品贸易在国际贸易中的现状
　　正是转基因作物及其产品存在着较大的争议，世界各国基于自己的生物技术研究与应用水平、农业发展程度、国际贸易体系中的地位及思维方式，对转基因产品的应用、生产和贸易采取了不同的立场和政策，从而导致了处于不同考虑角度的国家之间产生了对立与分歧，造成贸易秩序的混乱并且常常演化为贸易摩擦和争端。
　　据统计，转基因作物的全球销售额1995年为7500万美圆，1999年更是达到23亿美圆，5随着转基因作物全球销售额激增，进口方开始大为不安。在保护本国消费者的名义下，进口方采取了一些措施予以限制，出口方则认为这是一种变相的贸易保护措施，要求进口方取消，贸易摩擦由此产生，其中美国和欧盟之间的对抗就是一个典型的、最为激烈的例子。

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