目前，大面积种植转基因作物的主要是美国、阿根廷、加拿大，而这些国家的转基因农产品多数出口。美国是转基因技术发展最快并且投入研发资金最多的国家，其转基因作物商品化种类最多，种植面积也最大，美国转基因大豆占大豆种植总面积的60%以上，转基因棉花、玉米则分别占50%和40%，而且仍在扩大种植。目前美国60%以上的加工食品都以转基因作物为原料。6
　　在欧洲，由于疯牛病、二恶英等事件造成的阴影，政府和民众也就更加关注转基因产品的安全问题，虽然也在进行基因工程生物技术的研究，但是产业化、商用化的步伐及其缓慢，农产品基本上都是非转基因类型，因此欧盟采取了一系列抵制、限制转基因农产品进口的措施。1998年4月，欧盟暂停批准15个成员国经营新的转基因食品。6月，欧盟规定要对农作物标示其是否含有转基因成分。1999年，该组织停止了转基因农作物的种植和销售。2001年欧盟通过新法案，要求所有转基因食品、种子、饲料和药品必须有明显标签。法国早在1997年就明确要求从美国进口的农产品必须标示转基因成分与非转基因成分的区别，并对其加工食品必须贴示标签，同时禁止玉米以外的转基因农产品的种植。在英国，1999年3月政府制定了包含罚金在内的标志法规。从大型超级市场到连锁店，都已排除了使用进口转基因成分原料加工的食品，而必须出售本地原料加工的食品。7
　　根据世界观察研究所提供的数字，贸易争端已使美国对欧盟的大豆出口从1998年的1100万吨下跌到1999年的600万吨，玉米出口从200万吨下跌到13.7万吨，当年美国农产品出口损失了近10亿美圆。美国贸易谈判代表佐立克称，美国绝对有可能就向WTO申诉欧盟，理由就是欧盟为转基因产品进口设置壁垒。8
　　在世界贸易组织的协议中目前还没有专门规定转基因农产品的贸易规则，只有《动植物卫生检疫措施协议》（SPS）第2条第2款和第5条第7款原则上与之有关。SPS第2条第2款规定“成员方应保证任何卫生或植物检疫措施的适用范围，只是为了保护人类、动物或植物的生命或健康，并以科学原理为依据，若没有充分的科学为依据则无法立足，但第5条第7款除外。”第5条第7款则规定“在有关科学依据不充分的情况下，成员方可以根据现有的有关资料，来临时采纳卫生或植物检疫措施。在这种情况下，成员方应设法获得必要的补充材料，以便更加客观的评估危险，从而在合理的期限内评估卫生或植物检疫措施。”
　　正是对这两个条款的不同理解和运用构成了这场争端的焦点。以美国为首的出口国认为，由于目前没有科学证据表明转基因农产品对人类健康和环境有不利影响，按照SPS第2条第2款的规定，抵制转基因农产品进口是不适当的，抵制的真正目的是为了保护其国内低效率的农业。而以欧盟为首的限制进口国则援引SPS第5条第7款的规定，坚持认为为了保护本国居民的生命与健康，在获得有关转基因农产品长期影响的证据之前，不会给转基因技术发放许可证。

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