由于世界贸易组织规则本身解释的模糊性，所以它也难以规范目前国际贸易中转基因农产品所发生的纠纷，《动植物卫生检疫措施协议》和《技术性贸易壁垒协议》（仅涉及标签问题）的条文虽有原则性规定，但主要规范的还是各国对国际标准化组织所制定的标准的分歧，并不能预见到世界贸易组织的贸易争端解决机制将会面对技术日益复杂和科学证据不充分的高科技产品的争议。因此目前尚缺乏能有效规范转基因农产品贸易的规则。
目前我国在转基因国际贸易中的地位不容乐观，农产品生产效率低下导致产量和质量都迟迟得不到明显提高，另一方面，随着居民生活水平的提高，消费需求日益旺盛，供需矛盾也就越发的尖锐。这种情况下只能通过大量的进口来弥补这个缺口，因此必然导致相当数量的转基因产品涌入国内市场。拒统计，单是大豆一项，2000年我国进口额为22.7亿美圆，进口量达1042万吨，分别比1999年增长了155%和141%，9已经处于纯粹的进口大国，贸易逆差呈加速度扩大趋势。
中国转基因生物安全体系建设及合理性
面对转基因技术的发展与争论以及转基因农产品贸易中的问题，我国也日益重视生物安全体系的构建。
早在1993年我国就发布了《
基因工程安全管理办法》，并参与国际社会组织制定《生物安全议定书》的历次会议和谈判，2000年完成《中国国家生物安全框架》的编制，基本确定了我国生物安全政策体系、法规体系和能力建设的国家框架，同年８月我国签署了《生物安全议定书》。
2001年６月，我国发布了《
农业转基因生物安全管理条例》。条例要求所有转基因进口食品的生产和销售须得到政府的批准，并且要提供安全证书，证实转基因产品对于人类、牲畜以及环境无害，并且贴有合适的标签。
2002年1月7日，农业部发布了具体实施《
农业转基因生物安全管理条例》的三个办法：《
农业转基因生物进口安全管理办法》、《
农业转基因生物标识管理办法》、《
农业转基因生物安全评价管理办法》，《办法》要求转基因产品货船如果是在３月２０日以后抵达中国，那么必须出具中国农业部发放的安全证书，规定“进口农业转基因生物，没有国务院农业行政部门颁发的农业转基因生物安全证书和相关批准文件的，或与证书、批准文件不符的，作退货或者销毁处理”，并且规定农业部在接到安全证书申请的270日内作出是否批准答复。《办法》同时规定，凡是列入标识管理目录并用于销售的农业转基因生物应当进行标识，未标识或不按规定标识的，不得进口或销售。第一批实施标识管理的农业转基因生物目录有大豆、玉米、油菜、棉花种子、番茄种子等。
