条例让作为世界上最主要的转基因农产品生产国美国大为头痛，加拿大和美国将条例作为透明度和公告性的反例提出，认为条例的制定没有达到应当具有的透明度和公开性。特别指出细则并没有为适应新的规定提供充足的时间，而且中国没有以透明的方式定出该原则。同时细则的内容在很多方面缺乏合理的明确性和可操作性，没有向贸易商提供明确的程序规定，是一种技术性的贸易壁垒，严重影响了国际贸易的正常进行。美国同时宣布保留请求世界贸易组织启动争端解决机制的权利。
　　我国一系列办法的出台有其深刻的经济背景，以目前在转基因农产品国际贸易中占据主要份额的大豆为例，近年来，美国以变相的价格补贴为武器，南美（主要包括巴西和阿根廷）以较低的生产成本和出口鼓励政策为盾牌，竞相压低出口价格，以争取世界大豆的市场份额。在这场价格战中，最大的受害者是中国的豆农，国外大豆的疯狂进口已经使本来就在种植成本上处于劣势的国内豆农不堪重负。由于进口豆价格的低廉，我国的年度进口量达到了1350万吨以上，对国产豆的价格起到了极大的压制作用，国内大豆种植积极性受到较大的挫伤。有着四千多年大豆栽培历史的我国，在世界性大豆产量的扩张运动中，已经成为落伍者，国内产量连续数年在1300---1550万吨之间徘徊。10面对目前国内大豆市场的恶劣局势，国家希望通过政策杠杆提振国内大豆的生产积极性，提高大豆生产的规模化和产业化。在转基因上做文章也就顺理成章地成为振兴国内大豆产业，增强国内大豆市场抵抗能力的最佳手段。
　　那么我国的转基因贸易政策是否就意味着与WTO的宗旨和原则相违背呢？首先必须明确，各国政府的贸易政策，包括世贸组织有关食品贸易的规则体系都不仅是建立在理性的科学基础之上，而且都有其潜在的、更为深刻的政治和经济原因。上文美欧在转基因产品上的争端归根到底也是经济利益的争夺和价值观方面的对抗。
　　其次，如前节所述，《动植物卫生检疫措施协议》规定，动植物卫生检疫措施的设置不应用作贸易保护目的，不应给国际贸易造成不必要的障碍，协议的目的是试图平衡各成员保护其居民、环境安全的权利和限制其他成员市场准入的权利，从而使贸易措施确定化。但由于技术上、规则上的复杂，动植物卫生检疫措施极易成为贸易保护的有效工具，并且形成的贸易壁垒难以被觉察和克服。为此，协议规定：动植物卫生检疫措施的实施应以保护人类、动物和植物的生命和健康为目的。这些措施应以充分可靠的科学证据为依据，不构成对国际贸易的变相限制；当现存科学依据不充分，不能准确评估产品或加工过程的安全性时，允许成员采取预警措施，设置国内规则和贸易壁垒；每个国家有权决定本国所能接受的风险水平，动植物卫生检疫措施应在风险评估的基础上实施，其风险评估的因素和方法应使有关各方获悉。

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