最后，关于存疑不起诉的效力，它包含两个方面：一是存疑不起诉具有终止公诉的程序效力，即当检察院作出存疑不起诉的决定之后，它意味着对人的强制措施与对物的侦查措施的解除，以及整个公诉程序的终结；二是存疑不起诉不具有对犯罪嫌疑人定罪的实体效力。这是因为：基于上文关于“无罪推定”原则的论述，我们知道，认定一个人是否有罪的最终决定权在人民法院，对此，包括人民检察院在内的任何其他机关都无权认定，既然在“人民法院依法判决”之前，“对任何人都不得确定有罪”，那么“疑罪从无”，人民检察院的“存疑不起诉”就无论如何都不能是一个“有罪决定”，事实上，检察院也没有这样的权力。既然人民检察院的“存疑不起诉”决定不是一个“有罪决定”，那么它只能是一个“无罪的认定”。既然是“无罪的认定”，这就决定了犯罪嫌疑人在被存疑不起诉后，在法律上只能是一个“无罪的人”。[4]这点对于我们后文论证检察院应否对被存疑不起诉的人进行赔偿，具有关键意义。
二、对存疑不起诉的案件人民检察院应当进行赔偿：
“陈文”认为，对于人民检察院作出存疑不起诉决定的案件，其中被不起诉人已被逮捕的，人民检察院并不必然都进行赔偿。其提出的论据有两条：
（1）“证据不足”不能等同于“没有犯罪事实”；
（2）逮捕的条件不同于提起公诉的条件。
它的理论逻辑为：
（1）“没有犯罪事实”是对“错误逮捕”进行刑事赔偿的唯一情形；
（2）人民检察院作出存疑不起诉决定的案件并不等同于“没有犯罪事实”；
（3）所以，人民检察院对作出存疑不起诉决定的案件并不必然都进行赔偿。
对此，单纯的从文字上看，并不发生逻辑问题；但从深层次考察，则存在重大纰漏：
第一、“证据不足”不同于“没有犯罪事实”吗？非也。首先这一提法在逻辑上就不通，“证据不足”对应的是“证据充分”，“没有犯罪事实”对应的是“有犯罪事实”，二者怎能并列？当然笔者理解“陈文”的意思，他是说检察院的存疑不起诉决定不是一个“没有犯罪事实”的认定，也就是说，它实质上是一项“有罪推定”。而这与“无罪推定”原则是格格不入的。笔者在上文的论述中，就已指出，“无罪推定”是新
刑事诉讼法确立的一项基本原则，“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”，定罪权仅仅属于人民法院，任何人在被人民法院判决有罪之前，只能被推定为无罪，这是一个基本的刑事诉讼原理；人民检察院的存疑不起诉决定仅具有终止公诉的程序效力，而无定罪的实体效力。人民检察院在对犯罪嫌疑人作出存疑不起诉决定后，既然不能对被不起诉人作出“有罪”的认定，那么就只能推定他为“无罪”。换个角度，我们也可以说：人民检察院的存疑不起诉决定实质上是一项“无罪认定”。既然是一项“无罪认定”，这就意味着被不起诉人“没有犯罪事实”，所以，人民检察院的存疑不起诉决定实际上宣告了被不起诉人“没有犯罪事实”。此其一。
第二、“逮捕的条件不同于提起公诉的条件”吗？对。这是因为，按照新刑诉法的规定，逮捕的条件有三项：（1）证据因素：“有证据证明有犯罪事实”；（2）刑罚因素：“可能判处徒刑以上刑罚”；（3）社会危险性因素：采取取保候审、监视居住等方法，尚不足以防止发生社会危险性”；而提起公诉的条件只有两项：（1）“犯罪事实已经查清，证据确实、充分”；（2）“依法应当追究刑事责任”，二者显然不同。
