自从1994年税法大规模集中改革以来，现行税法对维护和促进市场经济体制起到了非常重要的作用，但是也不可否认，由于立法论证过程过于简短和过于顺应当时形势的需要，从其施行的第一天开始，各税种法本身就存在着很多缺陷和弊端。学者们针对这一现象进行了广泛系统的研究，时至今日，在许多方面已基本达成一致意见。
在所得税法方面，学者们认为企业所得税（包含外商投资企业与外国企业所得税）的课征范围过于宽泛，将不具有独立法人资格的独资企业和合伙企业也列为纳税人，重复征税的现象十分严重；[4]应税所得与企业财务会计所得之间的关系不明确；征收管理体制中存在纳税地点不统一、征管主体多元化等问题；税收优惠措施有待进一步规范，内外资企业所得税法亟待统一。而
个人所得税法也应该改革目前的分类所得税制度模式，实现向分类综合所得税制的转化，为此需进一步扩大税基，降低税率，减少税率档次；推广税收指数化，建立弹性税制；改进不公平的差别待遇，规范税前费用扣除，进一步实现税负公平；改革税收征收管理体制，形成以纳税申报为基础，以税务稽查为保证，以税务代理为辅助的征管模式。与此同时还须改革和完善农业税，进一步研究如何开征社会保障税。
在流转税方面，学者们认为应当将现行生产型增值税改为消费型增值税，将劳务列入增值税的征税范围，规范小规模纳税人的标准和行为，加强专用发票的管理，探索采用新的征管模式；应当调整消费税的征税范围，将已经变为日用必需品的商品剔除，增加对环境保护不利的商品，同时考虑对高档服务消费征税；应当改革城市维护建设税的附加税地位，使其成为一种正税；最后，应当尽快开征证券交易税，理顺证券税制的内部关系。
在行为税法方面，学者们大都认为应当废止固定资产投资方向调节税，理顺印花税内部的法律效力冲突，同时将车船使用税与车船使用牌照税合并为车船税，定位为财产税性质。
在财产税法方面，学者们主要围绕遗产税的开征问题展开了一些讨论，如遗产税开征的理论依据，遗产税开征的现实条件，遗产税的模式选择及制度建构等。[5]比较一致的意见是，我国开征遗产税的经济社会条件已经成熟，因此应当适时立法。在立法模式方面，应当采纳总遗产税制。为防范税收规避，赠与税也应同时开征。观点的分歧主要表现在税收要素的具体设计，如税率选择、减免税的范围、遗产的确定等。我们也认为中国具备开征遗产税的经济社会条件，但是不可否认，中国与遗产税相关的制度建设以及遗产税本身的研究相当落后，[6] 如财产一般登记制度和评估制度缺位，《
继承法》关于遗产分割的顺序有待修改，遗产税和赠与税中复杂的民法与税法交集的问题无人问津等。这些已经成为遗产税立法的制度障碍，也将会成为执法标准混乱和守法意识模糊的主要原因。因此我们呼吁立法部门不必急于通过立法，而应该在立法过程中调动各方面的力量加强研究和论证，使遗产税法能够建立在民主和科学的基础上。[7]
还有的学者站在WTO体制下高新技术产业发展的角度对我国税收实体法如何完善提出了看法。[8]
