2.股票期权主体资格的不确定性。股票期权既然是作为一种报酬支付的，就应该只有确实为公司带来了效益的人才有资格取得这份报酬。那么在一个大型企业中谁有资格得到股票期权，就成了非常难以确定的事情。国外在制度之初，也是将股票期权授予最主要的经营者，但是仅授予董事，还是包括首席执行官等高级管理人员，曾一直是个问题。现在国外股票期权的对象已扩大到本企业的所有员工，可以说从另一个角度解决了这个问题。我国试点中股票期权的对象仅限于经营者的范畴。按照现行
公司法的规定，我国的经营者应包括董事与经理两级人员。但由于
公司法规定有与企业现实脱节的地方，所以真正要划清哪些人属于经营者的范畴，明确股票期权主体的资格，也不是一件容易的事。越是大型企业，越需要依靠集体力量，越看重企业各机关及人员之间的配合，也就越不容易选定授予股票期权的对象。宽了会形成另一种大锅饭，造成公司乃至股东利益的损失；窄了也会形成不公平的局面，打击一些人的工作积极性。特别是我国正处在企业制度改革当中，企业领导班子即公司治理结构的建设问题还没有完全解决，这也给股票期权主体资格的认定增加了难度。
3.股票期权对公司经营的负面影响。一般都指称股票期权是一种长期激励机制，但这个所谓的长期也是相对而言的。特别是在有既定考核指标的情况下，为完成指标或为了有利于行权（行使股份期权），公司经营者会怠于投入人力物力去搞新产品、新技术的研究开发，因研究开发新技术影响当年利润率；会避免作出积极的经营决策，放弃某些经营上的机会，因经营判断是要承担风险的。这些明哲保身、但求无过的不作为，都会影响公司的创新与发展。从这个意义上看，经营者为确保即将到手的股票期权利益，有可能在经营上退缩，以至影响或牺牲公司的长远利益。
4.股票期权对股东利益的负面影响。股票期权是以经营者买卖本公司股票赚取差价利益为收入的，这意味着公司将自己的所得转移给了经营者，实际上是股东利益的一种让渡。另外，股价上涨是股票期权制度的媒介，因此容易产生经营者操纵股价的弊端。如果经营者利用其手中的权利为自身利益多做一些工作，甚至是一些内幕交易的话，就会大大损害一般股东的利益。所以有的国家法律规定，公司应以章程选择是否采用股票期权制度，并且只有当股东大会特别决议将股票期权授于经营者时，才可以具体实施这项制度。股东大会特别决议须根据公司效益及现实情况来决定是否授予股票期权，并要决定被授予人的姓名、所授予股份的种类、数额、发行价格以及行使期间和行使条件等等，（注：日本商法第280条之19。）以此保护股东的利益。
