所以，总的来说，虽然总统在任命法官时试图影响法院的政治倾向，法官在就任后基本上不会失去职位或薪酬。美国司法界的一个著名说法是艾森豪威尔（ Dwight D. Eisenhower ）在回顾他的总统生涯时，认为自己所犯的最大两个错误是任命了两个上任后就与他的意见一贯相左的最高法院法官。但即使如此，总统（或国会）也对该法官无可奈何。因为法官可以相对独立于立法和行政部门，他们在审理案件时应更能做出公正的判决。
（二）法院的司法管辖权
虽然美国宪法对司法管辖权做了若干规定（见上文所引美国宪法第三章第二节第一条），但因为这些规定并不详细具体，司法部门在实践中必须对这些规定作出解释，以充实它们的内容，限定它们的应用范围。由于司法权涉及到行政与立法部门，这些部门也在实践中对司法权加以制约。概括来讲，法院在实践中的司法权受到以下三种主要限定：
（甲）行政豁免权
虽然
宪法规定法院有权受理所有以美国政府为原告或被告的案件（见上引美国宪法第三章第二节第
一条），但对政府起诉则必须征得政府的同意；美国政府因而享有一定的行政豁免权（ sovereign immunity ）。只有政府同意自己作为被告，一项争议才能在法院立案，接受审理。如果政府提出正当、充足的理由（如需要对某项行政活动保密）而拒绝成为被告，司法部门则无权受理此案。但如果联邦法律规定政府可因执行该法律引起的争议而被起诉，法院通常根据这种规定，接受对政府的诉讼。所以政府被起诉的案件在美国比比皆是，而政府败诉的例子也绝不少见。
假如政府官员因执行公务被起诉，而原告要求的赔偿需由国库支付，审判的结果将限制政府的管理活动或迫使它采取某项行政措施，该案将被视作对政府的起诉，因此也要征得政府的同意。但假如该官员的行为超越了他的权限，或他的权力本身（或他使用权力的方式）有违
宪法，那么对他的起诉则不同于对政府的起诉，因而不需征求政府的同意。政府官员因为个人行为被起诉，就更不在行政豁免权的保护之列。克林顿与琼斯（ Paula Jones ）的性骚扰案，就属于这后一范畴。因为它涉及的是总统的私生活，所以虽然此案会对总统的工作造成干扰，最高法院还是一致同意立案审理。
给予行政部门有限的豁免权，体现了行政与司法和立法部门之间在某种程度上的对立与冲突。一方面，行政部门享有
宪法赋予的行政权（见美国宪法第二章），不愿在行政事务中受到干涉；但另一方面，司法部门依据
宪法有权监督行政部门，督促它遵守
宪法和其它法律。同样，立法部门也要求它所制订的法律得到行政部门忠实的执行。总的来看，对行政部门的司法监督已形成制度。行政部门很少刻意阻挠自己的被起诉，反而通常会尊重司法部门的判决。但行政与司法之间的对立与冲突时刻存在，并不容易找到平衡点。在司法部门对行政机构（ administrative agencies ）的监督中表现得尤为明显。下面关于积极司法的一节中将对此再做介绍。
（乙）「案件」与「争端」
对司法管辖权的另一个主要限定，来源于美国宪法关于「案件」与「争端」（ cases and controversies ）的规定（见美国宪法第三章第二节第一条）。从字面上看，
宪法规定法院有权审理所有涉及
宪法、联邦法律、条约、外交官员的「案件」，以及所有涉及美国政府的「争端」和州际「争端」。但
宪法对「案件」或「争端」本身并未给出明确的定义或解释。
