（二） 检察机关内部改革。 一方面，监督权和控诉权相分离，
实行检察监督令状制度。我国检察机关同时拥有逮捕权和控诉权。检察机关行使控诉权没有问题，但是主张“检警一体化”的学者提出撤销检察机关的逮捕权，引入西方国家的司法令状制度。但是笔者对此不敢苟同。从正当程序角度，设立逮捕权是为了保障人身自由权；从控制犯罪的角度，逮捕措施是作为保障刑事诉讼过程顺利进行的强制措施而存在的。一个机关是否应该具有逮捕权，关键在于这个机关能否实现上述两个职能。由于我国宪政制度不同于西方的“三权分立”，在我国的司法体制内，检察机关是诉讼监督的最主要的职能部门。因此，行使逮捕权是检察机关的应有职能。再者，前已述及，由于公安机关存在侵害犯罪嫌疑人人权的巨大危险性，检查机关行使逮捕权以对其进行制约又是必须的。因此，我们应该加强检查机关的逮捕权，而不是撤销。但是，我们看到，现行体制下，检察机关在逮捕权的行使尚远未体现
宪法和刑诉法所赋予的司法审查的法治价值，在制度层面和理念层面又把逮捕权仅仅视为保障刑事诉讼顺利进行的强制措施，忽视了其保障人权的首要的价值。所以，笔者认为应该保留检查机关的逮捕权，捕诉分离，实行检察监督令状制度。具体来说，就是将现在的起诉部门的检察官分为检察事务官和主控检察官，二者又有不同的分工：检察事务官主要面对侦查，对侦查起到强有力的制约；主诉检察官主要面对法庭，在庭审中形成与辩方强有力的对抗。
另一方面，审查起诉与出庭公诉职能相分离，增设检察预审程序。检察机关一方面要与侦查机关相互配合，追究犯罪，而另一方面又要制约监督侦查机关，在行使追诉权时保持超然的“中立”地位，这样一个机关在同时履行两个不同的职责，“自己和自己打架”，似乎难免自相矛盾和冲突。因此，笔者主张，在保持现行检察体制不变的前提下，增设检察预审程序，使审查起诉的职能与出庭公诉的职能相分离。这样一来，行使审查起诉职能的检察官就能够保持中立地位，恪尽职守，保护犯罪嫌疑人的权利，有效制约侦查机关；而另一部份行使公诉职能的检察官就可以专职出庭公诉，从而摆脱了既要主动追诉又要监督制约侦查的两难境地。
（三） 公、检二机关关系改革。这是最重要也是最棘手的。笔者考察了
诸多学者对此问题的主张，并结合笔者本人在检察机关实习时的考察和思考，提出以下看法。我们可以将公、检二机关的关系划分为三个阶段分别予以考察：
（1） 检察监督侦查——逮捕犯罪嫌疑人之前。具体来讲，首先，要
限制和优化检察机关侦查权能，强化检察监督职能。要真正建立公、检二机关分工负责，就必须对我国现行的侦查机制进行调整，尽量使公安机关负责侦查，限制和优化检察机关行使侦查权，使其仅在严格的条件下行使“非常侦查权”，从而让检察机关把更多的精力和资源使用在制约与监督职能上。其次，对侦查程序全程监控，建立公安机关立、结、撤案检察批准的法律制度。我国目前的司法实践中，公安机关从立案侦查到侦查终结（包括撤消案件）的过程都是出于独立的和封闭的状态，检察虽然作为监督机关但是却无从了解公安机关的上述情况，使得侦查过程基本处于失控状态，检察监督成为一种“无意义的空气振动”。[23]针对这种情况，笔者认为必须通过修改刑诉法，增加有关公安机关侦查罪案信息、立案侦查和撤消案件必须向检察机关报请批准的规定，并且规定相应的法律责任和法律后果，使检察监督落到实处。[十九]
（2） 检察引导侦查——逮捕后审查起诉之前。逮捕是一种非常严厉
的刑事强制措施，其目的不仅在于保障刑事诉讼的顺利进行，更在于保护犯罪嫌疑人的权利（前已述及）。然而，我国的实践却是，犯罪嫌疑人被逮捕后公安机关就停止了对案件的侦查，等侦查期限届满又将申请批准逮捕的案件材料几乎原封不动的移交审查起诉部门，致使案件的侦查工作毫无进展。这种“捕后不查”现象的普遍存在，一方面严重影响了办案质量，另一方面也是对犯罪嫌疑人权利的严重侵犯。因此必须予以改变。笔者认为妥当的做法便是由检察机关对公安机关的捕后侦查进行指令性的引导。比如有学者提出的，检察机关在作出批准逮捕的同时列出《继续侦查提纲》，对公安机关的侦查工作提出指导意见，使公安机关有明确的规则目标。另外，对于一些提请逮捕时已经基本符合起诉条件的案件，应当要求公安机关在一个较短的但合理的时间内报请审查起诉。这样既可以有效维护犯罪嫌疑人的合法权益，又可以提高诉讼效率。[23]
（3） 检察领导侦查——审查起诉阶段。案件进入审查起诉阶段之后，
真正意义上的控辩对抗才开始。检察官为保证控诉成功就有必要对证据不明或有欠缺的进行补充侦查。但我国的实践中，多是退回到公安机关进行补充侦查。由于二机关在地位上是相互平行的，因而经常发生消极配合、相互“扯皮”的现象。即使公安机关予以积极配合，但由于公安机关不能准确、全面理解检察官补充侦查的意图，而导致补充侦查没有取得检察官需要的结果，从而影响了控诉的成功。要改变这一问题，最好的办法就是要在立法上赋予检察机关在审查起诉阶段对公安机关补充侦查的领导权，规定由检察官根据庭审的需要而确定侦查的方向，并根据自己的意志指挥警察进行侦查。这样就能够很好实现补充侦查的制度价值和意义。[二十]
检警关系改革的初衷有两个，其一是改变目前司法实践中存在的“检警冲突”问题，其二便是切实保护犯罪嫌疑人的基本人权，维护司法的程序正义。因此，检警关系的改革相应的也就存在双重目标和价值。以上笔者主要是从检、警二机关的关系展开，解决的也主要是如何使刑事诉讼程序顺利进行。但是，还有一个不容忽视的，同时也更为重要的便是对犯罪嫌疑人合法权利的保护。“平等创造了司法和构成了司法。”[24]我们在构建检警关系的时候，必须注意保持侦查结构、公诉结构自身的平衡性。因此，必须建立相应的诉讼制约保障机制，以便犯罪嫌疑人、被告人的诉讼权利在刑事诉讼各个阶段都能够得到充分、有效的行使，维护其应有的诉讼权利。这也是现代刑事诉讼法人道和正义的基本特征。特别是在侦查过程中犯罪嫌疑人的人身权利和财产权利极易受到侵犯，正如前文所述，警察在侦查阶段的活动几乎是在一个全封闭的条件下进行的缺乏有效的外部监督机制，因此程序违法情况非常严重，刑讯逼供现象时有发生，严重侵害了犯罪嫌疑人的合法权利，极大损害了司法机关在人民心中的形象。如何有效的解决这些问题呢？笔者认为：
第一、法官以第三者的身份全面介入侦查程序，监督、制约整个侦查过程，
并就侦查程序以及侦查过程中采取的强制措施的合法性以及适当性作出最终的裁决。[二十一]这一解决方案近乎完美，也为众多专家、学者所津津乐道。但是由于这一方案与现行的宪政体制和诉讼结构不相适应，因此其合宪性以及合法性就是其致命缺陷。在新的体制尚未建立、旧的体制因素尚未消除的情况下，这一方案不具有可行性，而只能是一个美好的愿景和长远的目标。
