ＷＴＯ《政府采购协议》规定，如果一质疑事项审查机构不是法院，则该机构应接受司法审查。前述已经谈到，我国目前审查、处理质疑事项的主体名目繁多，在采购人中，有各级国家机关、各类事业单位、不同形式的团体组织等，在采购代理机构中也有不同性质、不同目的的各式各样的主体。在所有的采购主体中，没有哪个主体能够站在第三方的立场来审查、处理质疑事项。在这种情况下出来的处理结果，如果再由财政机关来审查，而不是直接经受司法机关的审查，不仅仅是增加了供应商救济程序的累赘，更是增加了供应商的救济成本，难以进行合法权益的及时有效保护。
根据我国现行的制度，供应商如果不服质疑结果或者对结果处理不满意，可以在一定时间内向有管辖权的财政部门提出投诉，对投诉处理结果不服或者仍然不满意的，可以通过行政复议或者提出行政诉讼。显而易见，供应商经历的程序繁琐，长时间的权利救济，必然会影响到其正常的生产经营活动，不仅仅无形中提高了救济成本，救济结果究竟如何也是一个难以猜测的未知数。况且，我国的财政部门也不仅仅是处理政府采购事务，且与采购人尤其是行政机关基本上都是平起平坐、在一个法律层面上，属于平级的行政机关，不可能拥有独立权力或者大量的时间去进行调查取证。由此可见，我国各级财政部门不能确保为供应商的合法权益进行有效保护。
缺乏强制中止采购项目执行的程序
ＷＴＯ《政府采购协议》要求质疑程序应规定：快速的临时措施，以纠正违反法律规定的行为和保持商业机会。质疑事项的审查、处理机构在法定期限之内，在对质疑作出决定前，要求采购实体必须做到中止合同的授予或者中止合同的履行。我国《
政府采购法》没有在质疑程序中规定强制暂停措施，只是在投诉程序中规定可以暂时中止采购项目，但这不是属于强制性的法律规范，供应商提出质疑程序或者投诉程序都不是采购程序中止的原因。在此情况下，不论是质疑程序还是投诉程序，均无任何的实质意义。较为典型的例子是，全国首例政府采购行政诉讼案件。原告北京现代沃尔经贸有限责任公司不仅向采购人国家发展和改革委员会、国家卫生部申请暂停广东开元医疗设备有限公司履行政府采购合同，也向国家财政部提出过强烈要求，但均未能得到采纳。原告也向法院提出过要求暂停采购项目的执行，同样也是未能得到采纳。在供应商寻求权利救济的一年多时间里，采购人早已与中标供应商签订了采购合同，且都已经履行完毕。这个非常具有代表性的案例说明了我国《
政府采购法》救济程序中所存在的问题。
