三、专业人才匮乏。
面对新的经济形势下手段隐蔽，种类繁多，方法各异的涉税犯罪，其侦查属于一个边缘学科，要求有一支既懂税收又懂刑侦的复合型人才队伍，尽管上级一直呼吁公安机关的经侦（税侦）大力补充吸收审计、财会、税收、金融等经济专业人才，而现实上由于条条框框，使得经侦（税侦）的人才结构始终未得改善，即实践 中还是缺乏对税收、财会知识精通的人才，做为负责侦查涉税犯罪的我们公主岭市公安局经侦大队，现有40名干警，财会专业人员只有2人，专业人才匮乏，致使打击涉税犯罪显得力不从心。
四、行政干预及地方保护主义有所庇护。
一些地方的单位和部门出于对本地区、本部门的利益考虑，对其涉税犯罪视而不见，充而不闻，听之任之，而遇有执法人员查处时，不是充当保护伞为其开脱，就是横加干涉，百般阻挠，有的地方首长从本地区经济发展角度考虑，以招商引资、营造发展软环境做为经济保驾护航的充分理由，以打电话，口头授意、办公会或暗示指令等方式，阻止涉税案件的侦办活动，而公安机关是在当地党委政府的绝对领导下开展业务工作的，使得一些本应依法查处的涉税案件在地方保护主义的干预下得不到及时有效地处理。
五、法人涉税犯罪面临挑战。
当前，我国正处于向市场经济体制的过渡时期，市场体系的规则尚未完全建立，企业组织的管理权能不清，未能形成一套严格要求的监督法人组织活动的网络。法人组织权力缺乏制约，必然产生负面效应，由此导致法人犯罪呈上升趋势，法人涉税犯罪相应更是如此。现在法人涉税犯罪已渗透到经济生活的诸多领域，贯穿于商品生产、流通、交换的全过程，其中法人涉税犯罪又以偷税和骗税最为突出，由于法人涉税犯罪是法人组织的整体犯罪，具有领导决策组织严密、分工明确的特点，因此其犯罪能量远非自然人可比，具有更大的危害性，与此同时，带来侦办的困难性和艰巨性。尽管《
刑法》明确规定，对单位犯罪实行“双罚制”，既对单位判处罚金，又对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚，但长期以来，“法人偷税是为公”，“为公犯罪不为罪”等传统的观念总容易被社会、被群众，乃至执法人员所宽容，理解、同情，所有这些，无论是对执法人员，还是对侦办涉税案件都带来了无形的阻力。
六、税款入库急需协调。
由于税款所特有的属性，
刑法第
212条规定“被判处罚金、没收财产的，在执行前，应当先由税务机关追缴的税款和所骗取的出口退税款。”而由税务机关追缴的税款，原则上入国库，国税部分还要上划中央，无法返回给公安机关。而相对比较，由于目前财政紧缩，大多公安机关办案经费空前紧张，税案侦办所配套的交通、通讯、复印、监视、录像、微机等技术装备建设，其经费自给困难，必须依靠侦办涉税案件带来一定的经济效益，公安机关急需从侦办成功的税款中返回一定比例的提成、奖励及手续费等以弥补税侦的经费不足，而现行的税款入库体制与之相悖，势必会影响办案的正常进行及干警工作热情。
