黑社会性质组织犯罪侦查与普通犯罪侦查对比，其侦查方法有相同的一面，也存在有明显的不同之处。黑社会性质组织犯罪侦查与普通犯罪侦查都应按照
刑事诉讼法规定的程序进行，但黑社会性质组织犯罪的侦查更加复杂。与其他犯罪相比，在目前的中国大陆，黑社会性质组织犯罪侦查的难度是最大的。从时间上看，黑社会性质组织违法犯罪时间长，长的达数年，短的也有几个月。从黑社会性质组织涉足的空间看，此类组织常常跨区域、跨行业、跨场所，其行为触及广泛的领域。从黑社会性质组织构成看，组织成员众多，结构严密。从组织内成员实施的行为看，有的属于组织行为，有的属于个人行为，有的属于违法行为，有的属于犯罪行为。从侦查对象看，黑社会性质组织犯罪侦查，既要侦查黑社会性质组织的行为，也要侦查黑社会性质组织的个人行为。既要侦查犯罪行为，也要调查违法行为。既要侦查与组织有关的案件，也要侦查组织成员实施的与组织无关的案件。既要侦查立案之前与黑社会性质组织有关的违法犯罪行为，也要侦查立案之后组织实施的违法犯罪行为。既要侦查组织违法犯罪，还要揭露“保护伞”。因此，在侦查黑社会性质组织犯罪时宜采用“复合式”侦查方式：在侦查力量投入方面，应考虑从多层面着力。在侦查路径方面，宜数条路径并进。在侦查措施方面，宜数种措施并用，并且必须用到侦查手段。同时，措施与手段的采用必须突出谋略性。此外，还应注意公秘的有机结合等等。
下面将对黑社会性质组织犯罪侦查的具体步骤与方法进行详尽的论述。
一、发现线索
不管是什么类型的犯罪，不管是走从案到人，还是走从人到案的侦查路子，发现案源线索均为侦查的起点。侦查黑社会性质组织犯罪，也应从发现线索切入。只不过由于黑社会性质组织的特殊性，这里所说的线索应是指广义的线索。这里所说的线索是指黑社会性质组织的线索和该组织所实施的违法犯罪行为线索。发现黑社会性质组织线索和该组织所实施的违法犯罪行为线索的路径大同小异，主要有以下一些：
(一)通过群众的检举、揭发和控告。在侦查时，应分别对待，想方设法通过群众获取线索。通常可用的方法有：
1、设立举报信箱、举报电话。举报信箱可以设立在现实社会里，也可设在网站上。应将设立举报信箱、举报电话之事通过媒体及其他渠道公布于众。
2、召开新闻通气会。与宣传部门联合召开新闻通气会，通过情况的沟通获取与黑社会性质组织有关的线索。
3、利用媒体。根据案情，在适当的时候取得媒体的支持，利用媒体公布案情发动群众提供线索。也可以在报纸、电视或网络上开辟警方专栏，畅通群众举报渠道，通过专栏发动群众收集线索。
4、召开娱乐场所、特种行业业主、企事业单位负责人、街道办事处工作人员、居民等座谈会。此类的座谈会或相对秘密进行，或公开进行，视需要而定。
5、走访、调查等。这是获取线索的最基本方法。“由于黑社会性质组织犯罪案件中的证人、知情人等常常慑于黑社会性质组织的淫威而有较多的思想顾虑,不敢大胆向公安机关提供有关情况，因此，侦查人员要主动深入到群众中，采取有针对性的策略和方法，或者广泛走访，或者个别询问，或者正面疏导，或者侧面询问，取得群众的配合和支持，发掘案件线索情况。”①
(二)从对人的控制中发现。通过对治安危险分子、刑嫌分子以及其他违法人员；劳改、劳教释放人员、两劳取保人员、违法帮教人员、城乡流动人员的控制发现线索。以上提到的这些人往往容易介入黑社会性质组织。
(三)从对相关案件的梳理中发现。黑社会性质组织最常实施的违法犯罪行为为组织卖淫、聚众赌博、贩卖毒品、敲诈勒索等。因此对涉毒、涉赌、涉黄、涉枪等重点刑事案件以及打架斗殴等治安案件进行监控，对这些案件的相关情况进行梳理，有利于发现涉黑线索。
(四)从对重点场所、部门、行业、市场的严密控制中发现。一些利润高、经营管理秩序较为混乱的场所、行业、部门往往是黑社会性质组织驻足的重点部位。这种部位为黑社会的滋生提供了土壤，也为黑社会性质组织的曼延提供了必要的条件。当前，容易被黑社会性质组织“盯上”的行业有娱乐业、个体运输业、建筑业、餐饮业、煤矿业等。因此，各地公安机关对辖区内的上述行业、场所要做到底数清楚，控制严密，对情况复杂、问题突出的单位要重点控制，采取公开与秘密相结合的手段使其始终处在控制之中，并从中发现犯罪线索。
此外，作为民警还要接受识别黑社会性质组织方法的培训。在日常工作中，通过采用恰当的识别方法从纷繁复杂的现象中发现黑社会性质组织的蛛丝马迹。
