船舶抵押权设立于抵押合同生效之时，从合同成立、生效到进行抵押权登记往往有时间间隔，抵押权登记后其效力是自始发生还是始于登记之时呢？法律未作规定。从法律规定的未经登记不得对抗第三人的规定本意出发，笔者认为船舶抵押权登记不具有追溯力，登记对抗第三人的效力始于船舶登记机关将抵押权载于登记证书之时。
在已登记船舶抵押权所担保的债权无效、因清偿消灭或因怠于申请执行而转化为自然债务及抵押船舶灭失时，船舶抵押权登记未注销，此时登记的效力如何？对此法律未作规定。笔者认为，船舶抵押权从属于主债权，在债权无效、消灭的情况下，抵押权及登记的对抗效力实质上虽已不复存在，但船舶抵押权登记效力并不全部失效，在申请注销登记前，其仍有登记序位上的效力，抵押人不得在同一船舶上设定相同位序的抵押权；在债权转化为自然债务时，债权人失去的是申请法院强制执行的权利，债权并不当然消失，债务人仍可向债权人为清偿，但债权能否实现完全依赖于债务人，故此时抵押人也可向登记机关申请注销抵押权登记，在注销前，仍有登记序位上的效力。抵押船舶灭失，抵押登记的效力如上述。由于船舶抵押登记具有公信力，因此抵押人在抵押权消灭时应尽早向船舶登记机关申请注销登记，以免发生登记与权利不一致的弊端。
根据
海商法第
十九条，同一船舶设定数个经登记的抵押权，抵押权人按登记的顺序，从拍卖船舶所得的价款中依次受偿。问题在于有的抵押权经登记，有的抵押权未经登记，此时序位如何？笔者认为对此按登记在先的原则处理。但若有两个未经登记抵押权，其中一个抵押权人得知有另一抵押权存在时为取得优先序位抢先进行登记，是为恶意，在另一抵押人举证证明后，抢先登记者不当然有优先权，而应依抵押设立时间的先后进行判断。
四、第三人的范围
海商法第
十三条第一款规定，“设定船舶抵押权，由抵押权人和抵押人共同向船舶登记机关办理抵押权登记；未经登记的，不得对抗第三人。”但该法未明确第三人的含义，实践中对第三人的理解众说纷云。有人认为船舶抵押权是担保物权，未经登记不得对抗的第三人是指抵押人以外的任何人，为特定的公众。对此笔者不敢苟同。抵押权是以担保债权为目的的担保物权，是一种对世权，具有排他性。然而，抵押权经登记后所能对抗的第三人并非指抵押权人以外的任何人。
