表1 大理院各机构及职掌分布表
（此表据光绪三十四年四月三十日《法部大理院奏为核议大理院官制并清单》绘制。该折并清单见《大清法规大全1 吏政部》卷20下《内官制二》，政学社印行，台湾考证出版社1972 年影印本，第759 - 763 页。）
详谳处（光绪三十三年六月十九日(1907 年7 月28 日) ，大理院奏设详谳处，见朱寿朋编、张静庐等校注：《光绪朝东华录》，中华书局1958年版，总第5703 页。）
大理院的内部机构分刑民二科，下设法庭，按级别管辖、地域管辖及特殊管辖的原则分掌各类案件，基本上是按照诉讼审判的原则设置的。就大理院的受案范围而言，1910 年的《法院编制法》和《死罪施行详细办法》分别对之作了调整。详见下文，此处不赘。
表2 法部各机构及其职掌分布表
（此表据光绪三十二年十二月十八日《军机大臣奕等覆奏法部官制并陈明办法大要折并清单》绘制。该折并清单见故宫博物院。明清档案部编：《清末筹备立宪档案史料》，中华书局1979 年版，第491 - 493 页。在中国第一历史档案馆法部档案目录中，法部下辖的机构还有看守教练所、堂房、律学馆、宪政筹备处、钦派查办处等。）
在法部各司中设次级机构“科”，负责具体事务。法部内部实行垂直领导与横向分工相结合，置承政厅与参政厅于各司之上，各司分工负责。相比原有的“十八清吏司”而言，机构得到很大精简，并且其职能由原先的以司法行政与司法审判并重转为以司法行政为主。
处于转型期的法部与大理院有着鲜明的特色，这些特色与司法独立在中国的最初实践息息相关，或者可以说它们构成了司法改革的重要条件与制度背景。具体来说，这些特色主要表现在以下三点：
其一，新旧机构的设置原则是不同的。刑部与大理寺作为集权下的司法专门机构，兼具司法行政与司法审判职能，其内部机构是按照便于皇权控制和行政管理的原则进行组织的，行政色彩浓郁。无论是大理寺还是刑部各司、处、厅、库、所，只是分掌部分司法行政职能与部分审判职能，这种内部分工的目的是削弱刑部与大理寺在处断案件及司法行政方面的决定权，从而实现皇权对于司法权的集中与专断。而以“三权分立”的原则重建中央司法体制后，司法行政机关与司法审判机关有着相对明确的分工，大理院与法部的内部机构基本上是按照各自的单一职能进行构建的。
其二，从机构设置及其职能来看，部院的过渡性特征十分明显。由于传统司法制度尚未发生根本性变化，新机构仍然要履行原先旧机构所要覆行的所有职能。大理院虽然以四级三审制设置内部机构，但仍然受制于案件覆核制度，经其判决的重罪死罪案件仍要交由法部覆核。直至1910 年《法院编制法》颁行之后才实际行使终审权，成为名符其实的最高审判机关。由于案件覆核、秋朝审制度仍然继续实行，法部也仍然扮演着以前刑部在这些方面的角色。因此名为中央司法行政机关的法部实际上享有部分司法审判权。部院如此分工，明显地违背司法独立原则，与设置部院的宗旨也是相悖的。司法改革向着司法独立的方向前进，大理院的审判权得到加强与保障，法部的司法审判职能逐步剥离是必然的趋势。部院的自身建设与司法改革同步进行，处在一个向着司法独立方向运动的过程之中。
其三，部院从设立伊始就存在着深刻的矛盾。刑部与大理寺在向法部与大理院转型的过程中，自身的变化及其相互关系的变化无疑是巨大的。既定方案规定由法部继续拥有覆核案件的权力，但这毕竟是权宜之计，在司法独立原则之下，这种安排是没有正当性可言的。对于法部而言，在转变为单纯的司法行政机关的同时，必将失去司法审判权这半壁江山，其职权变化呈收缩之势。大理院则一跃而为最高审判机关，在“三权分立”的国家架构中独占一权，地位祟高。不仅如此，按照司法独立的要求，由法部暂时分享的司法审判权必将最终归大理院行使。因此，法部与大理院的关系极为紧张。不合理的制度设计遇到了实践的严峻挑战，制度与现实需要之间的矛盾转化为部院之间的矛盾。于是司法独立的实践在很大程度上转化为在部院之间重新分配权力，转化为部院为了权力而进行的争斗。大理院每前进一步，就要向法部提出权力要求。
