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戴沈两份清单将部院成立以来产生的所有问题全部摊到了桌面上。部院所争事项无外乎行政权和审判权两个方面。就行政权而言，主要表现在人事权、行政区划权和司法警察的调度权上。大理院从法部奏调了一批干才，引发了部院人才之争；大理院在奏调人员时未与法部进行充分协商，任命审判官员、接收民政部案件、筹建各级审判厅、划分司法区域等行为，在法部看来均冒犯了法部的专有权力——司法行政权。而在大理院看来，这些是筹备工作必不可少的，大理院在筹备过程中行使部分行政权也是迫不得已的事。就审判权而言，法部要求对死刑案件行使覆核权，以监督大理院。而大理院则认为由法部行使裁判权违背了裁判独立原则，本是不能接受的。但考虑到新旧两种司法制度衔接的实际情况，同意法部像以前的刑部一样行使重案及死刑案件的覆核权，只是必须让大理院对于经其覆核的案件有与法部相同的署名权。
由于大理院的据理力争，在重罪及死罪案件的覆核权上，和衷妥议方案不得不考虑大理院的意见，对大理院的权限稍稍予以扩大。经过一番艰苦奋争，大理院终于争得了案件终审时与法部的共同署名权，而法部对于重案及死刑案件的覆核权并没有丝毫改变。而在人事权上，法部控制了大理院的人事任命权，并且将参与制定《大理院官制》。
部院之争在多事之秋的丁未之年以维持行政司法机关制约司法审判的结果而收场。一场风波之后，大理院并没有争得太多的权限，与审判独立之间的差距仍然很大。大理院根据“裁判独立”原则据理力争所得到的仅仅是对于重罪案件的共同署名权，恰似拿大炮打了一个蚊子，收获太小，付出太多。可是退一步想想，大理院这样的要求都已招致如此大的争议，如果它胆敢提出排除司法行政机关对审判权的制约，沈家本面临的可能就不是调任了。可见，彻底摒除法部对于审判权的染指，实现审判独立，在当时只能是一个天真的幻想。
尽管如此，部院之争对司法改革而言意义仍然十分重大。它将司法改革从“司法权与行政权的分立”推进到“司法行政权与审判权的分立”这一层次，并且将人们的注意力引向“裁判独立”这一根本性的问题上来。自此以后，司法行政权与审判权之间的界限、裁判独立成了司法改革不可回避的问题。
(三) 大理院淡出司法行政领域
部院之争使原先模糊的部院权限划分问题，一下子变得敏感与突出起来。随着司法改革的逐步推进，大理院退出司法行政领域，法部退出审判领域成为不可扭转的大趋势。
部院之争后，司法改革很快由京师向地方推进，地方审判制度的改革反过来又促进了中央的司法改革。袁世凯在天津试办新式审判成功，为在全国设立各级审判机构提供了实践依据。光绪三十三年八月初二日(1907 年9 月9 日) ，修订法律大臣沈家本将历时8 个月制定的《法院编制法草案》完成，转由宪政编查馆审核。法部在天津审判章程的基础上，参考了《法院编制法》草案并试图与之保持一致， （《法部奏酌拟各级审判厅试办章程折》中提及该章程参考了《法院编制法》草案，并力求与之保持一致：“复取修律大臣沈家本奏呈法院编制法草案详加参对，务期损益适中，悉臻妥善。”《各级审判厅试办章程》还直接引用了《法院编制法》草案中的条文。虽然《各级审判厅试办章程》最终被《法院编制法》所取代，但是正式立法援用法规草案的做法，在立法史上实属罕见。） 于1907 年12 月4 日奏准了《各级审判厅试办章程》。（该折末尾有“臣等日与编纂各员及该厅丞等迭次讨论重加考正，并将草案抄交臣院逐条详覆，意见亦复相同”之句，故该法虽在《大清法规大全》及《光绪东华录》中均署名为法部所奏，但极有可能是法部与大理院共同会奏的，或者至少得到了大理院的认可。）虽然该章程重在理顺各级审判厅内部之关系，明确各级检察厅内部之关系，并无条文直接涉及法部与大理院之间的权限划分问题，但“司法独立”精神在该章程得到了较好的贯彻。根据该章程，各级审判厅与各级检察厅合署办公，其内部分别实行不同的原则：各级审判厅依照四级三审制和级别管辖各自独立审判案件，各级检察厅隶属于法部，内部是上下级的组织关系，但检察司法机关不得干涉司法审判。该章程还对大理院曾染指过的司法警察及区域划分问题作了明确规定，从而将其明确地纳入法部权限范围内。
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