第三，部门利益集团化、个人化、违法化的现象更加突出。一些手握权力的部长高官们通过与个别的协会、中介机构、国有大中型企业等的相互合作在市场中呼风唤雨，相互勾结。在郑筱萸案件中就存在这样的问题，行政腐败、官商勾结、利益同盟等现象相当普遍。还有一些部门为了部门利益公然违法，例如交通部门居然让2004年通过的《公路法》中开征燃油税的规定搁浅至今。
第四，部门利益膨胀还表现在对公共财政的奢侈浪费上。在建设节约型社会的今天，一些政府部门仍然公然违背国家约束政策的规定，提高公务接待标准、扩充公车规模、提高办公条件、增加出国经费等等。我国每年用于公车、公款吃喝以及公务出国的费用已高达几千亿元。在这些公款浪费的背后，都是部门利益在作祟，视纳税人的钱财如粪土，挥霍无度，而相应的公共服务质量却仍然不见起色。国务院去年开始对中央国家机关用地进行严格控制，下发了《关于进一步加强和改进中央单位用地管理工作的意见》，严禁中央部门集资建房，目的就是控制部门利益膨胀。因为中央部门单位因部门利益，违规建房之事时有发生。比如，国家审计署审计长李金华在2004年度中央部门预算执行审计结果报告中就指出，1999年以来，国家体育总局动用中国奥委会专项资金1.31亿元，其中用于建设职工住宅小区1.09亿元，用于发放总局机关工作人员职务补贴和借给下属单位投资办企业2204万元。
部门利益膨胀弊害重重
首先，社会主义市场经济本质上要求建立一个规则统一、发展均衡、地域广大的市场，然而有些部门在参与国家法律、政策制定时过于考虑本部门的利益，为了本部门利益人为的制定倾向于本部门的政策、设定许可、提高审批门槛、扩大部门权限等等，再加上广泛存在的“地方保护主义”，使得国家政策在这种“部门保护主义”（条条）与“地方保护主义”（块块）之间造成政策的条块分割，整体的国家政策被条条块块分割阻断，不能很好的贯彻执行；而且不同的部门都在强化自己的利益要求，扩张本部门的权力，因此造成部门之间的隔阂、政策冲突甚至相互指责和推诿，国家利益和社会利益在这种“条块”分化中被消解、吞噬。
国家政策部门化带来的必然是政府权力的部门化，这就造成政府与市场关系的错综复杂，由于政出多门，不同的市场要素归不同的部门管理，甚至同一个市场要素归多个部门管理，使得市场的诸要素之间譬如人才、技术、劳力、资源、能源、交通等等，由于部门政策的阻隔不能合理地按照市场规律流动，无形中增加市场成本和造成制度性、政策性障碍。
