（一）理顺中央政府与地方政府之间的关系，克服地方保护主义
我国长期以来是一种高度中央集权的管理体制，行政区划层级过多，共有中央、省（自治区或直辖市）、市（州）、县（县级市）和乡（镇）五级，地方政府缺乏独立的人格，中央政府往往成为国家经济发展的唯一变量。委托代理链过长，信息不对称现象严重，容易削弱地方自主权和蚕食地方利益，使地方政府尤其基层政府权利义务不对等，合法的良好资源难以合理配置地方政府尤其基层政府，进而导致“上有政策、下有对策”的现象时有发生，或是消极或低效政府管理行为，并因此容易使地方政府尤其基层政府成为社会矛盾的集结点，从而增加了国家治理成本。这个问题并没有因为我国后来的中央与地方逐步分权的改革而彻底解决。
随着国家的市场化改革，中央与地方之间逐步分权，从而使地方政府利益相对独立化，拥有了更多的经济职能。中央与地方的分权既是市场经济发展的必然要求，也是世界各国在处理中央与地方之间关系的一种发展趋势。但问题在于，随着分权化过程的推进，地方政府在对中央政府的态度上，具有经济抗衡与政治服从的双重裂变的倾向，地方政府的政治行为和经济行为常常会在目标、运作方式等各个环节上产生较大的冲突。分权化调动的是地方政府将自身利益最大化的积极性，地方政府尽可能地打政策“檫边球”，寻求地方新财源，实现地方经济的发展和决策权的扩大。[15]因此，在中央与地方之间缺乏法定且明确的事权与财权划分的情况下，在中央政府没有规则约束下的随意放权与收权的过程中，很容易使地方政府产生本能的经济“对抗”，滋长地方保护主义。非制度化的分权带来的预期不确定，必然是“上有政策，下有对策”。国家宏观调控政策在地方政府的抵制下屡屡受挫就是明证。[16]表现在食品安全问题上，即容易导致地方政府为了财源和地方经济利益的需要，往往对地方企业采取地方保护主义，从而置国家法律和政策于不顾。
邓小平曾经说过，“权力要下放，要解决中央与地方的关系”。[17]我们必须加快政治体制改革，从制度化层面解决中央与地方分权问题。首先，我国必须加大行政区划改革的力度，合理划分行政区划层级，减少委托代理链。其次，从宪政的高度理顺中央与地方的关系，在确保中央政府宏观调控权威性和保障国家统一的前提下，转变政府职能，下放部分财权，使事权与财权相适应，充分保障地方的自主权和自治权，使其权利义务对等，调动地方的积极性。中央与地方的分权应当建立在以宪政为基础的法律制度保障机制上，把中央和地方各级政府的事权、财权以及相互之间的人财物关系通过法律制度化的游戏规则合理界定和明确划分，从而克服中央政府随意性放权与收权的缺陷，并从根本上杜绝地方保护主义的源头。这是解决诸如食品安全等问题存在地方保护主义的重要措施。
（二）合理设计政府权力，解决权力对谁负责的问题
应当说，政府官员的权力来源从理论上不成问题，是人民赋予及其人大选举。但由于受传统政治体制的束缚，“人民”的泛化，导致人大应有的功能和地位并没有充分发挥出来。因此，若从政府系统来，我国政府官员的权力来源往往存在“自上而下”，而非“自下而上”的现象（这里的“上”和“下”是指上下级党委和政府间的关系），导致各级政府及其政府官员好于对“上”负责，而怠于对“下”负责（“下”是社会民众，正是“毒奶粉”事件的最大受害者）。
一方面，了解真相、与群众切身利益密切相关或深受其害的当地人民难以有效决定当地政府官员的命运，难以有效监督制约当地的“父母官”，从而使当地“父母官”有恃无恐。即使有人申诉，也常因上下级政府基于地方利益需要或“经济人”特性的通谋而掩盖了矛盾，而一旦矛盾激化到不可避免的地步时，中央对地方往往又会出现“一收就死、一放就乱”的恶性循环。
