（一）立法会扩权及其对行政权的影响
如上所述，行政主导是指在香港的政治构架中，行政机构和立法、司法机构相比，具有更大的主动性，处于相对优势。在基本法的创制过程中，行政主导是和立法主导相对而言的一种政治体制，起草《基本法》时，要规定行政主导这一点是比较明确的。[12]不过，特区成立之后，由于政治生态和政府管治的实际状况，出现了立法会扩权的情况，对特区的行政主导体制产生了一定影响，具体表现为立法会发动对特区政府主要官员的不信任动议。
最早的不信任案于1999年启动。当时香港立法会议员吴霭仪因不满律政司司长梁爱诗对胡仙案及港人在大陆子女在港定居案的处理方式，于2月间对梁爱诗提出不信任动议。立法会于3月11日经过4个多小时的辩论后，由于多数议员的反对，否决了由吴霭仪议员提出的对律政司司长不信任案。1999年至2000年间，“居屋角短桩事件”在香港社会，特别是立法会中引起激烈反应。立法会议员甚至在会中对房委会主席王葛鸣及房屋署长苗学礼提出不信任议案。当时董建华特首对房委会高层表示支持，认为该案件之所以被揭发，是房委会努力调查及检讨各项工程的结果。不过，立法会还是通过了不信任案。王葛鸣在立法会通过议案之前，先自行辞职，房屋署长苗学礼则坚拒辞职——立法会虽可以通过不信任案，但却不能要不受信任的人辞职，因为依据《基本法》，立法会无权过问主要官员和政府公职人员的任免。
2002年，董建华于其第二届任期开始不久，宣布废除“公务员治港”方式，推行仿照美国部长制度的“高官问责制”。在问责制下，各问责政策局长直接向行政长官董建华负责。[13]尽管问责制推行之初，社会各界也曾经有不同的评价，[14]但总体上是加强了以行政长官为核心的管治团队。不过，问责制也为立法会“倒阁”提供了制度上的依据。问责制实施以来，基于各种原因，在舆论的压力下局长纷纷因“私人原因”下台，包括前财政司司长梁锦松，前保安局局长叶刘淑仪和前卫生福利及食物局局长杨永强等。局长向特首负责有演化为向立法会负责的趋势。2003年3月，民主派利用香港财政司司长梁锦松“购车事件”，提出对梁的不信任案，在立法会辩论后未能通过。但是7月1日，由于香港经济出现问题，民生遇到较大困难，再加上《基本法》第23条立法和SARS事件，市民对政府的不满达到顶峰，约50万市民参加“七一”游行。2003年7月15日，廉政公署完成对梁锦松的调查，把报告交给律政司决定是否起诉，并知会行政长官董建华。7月16日，在保安局局长叶刘淑仪请辞之后，梁锦松随后亦提出请辞。由于梁锦松随时可能被起诉，为避免出现在位主要官员被起诉的尴尬情况，这次董建华无奈地接纳了，并报请中华人民共和国国务院批准。梁锦松的职位其后由工商及科技局局长唐英年接任。[15]
立法会的不信任案虽然不具有法律上的效果，但是其所形成的政治压力导致被问责的主要官员辞职，逐渐形成了一种“内阁制”式的问责体制。
（二）司法扩权及其对行政权的影响
香港回归之后，根据《基本法》设立了终审法院，并赋予其解释基本法高度自治范围内条款的权力。终审法院对《基本法》的授权采取能动主义的理解，积极采取司法行动，对特区的立法和行政权力进行合宪性审查，从而导致司法权力的扩张。
就司法和行政的关系而言，最具有代表性的案件是1999年吴嘉玲诉入境事务处主任案[16]以及2006年梁国雄及古思尧诉香港特别行政区行政长官案。[17]在吴嘉玲案中，港人在内地所生子女违反《入境条例》滞留香港，入境事务处决定这些人士属于非法入境。但是《入境条例》本身受到质疑，被认为与《基本法》不一致。通过该案，终审法院申明，法院有权审查行政部门的行为是否符合《基本法》，假如裁定有关行为不符合《基本法》，法院可判决有关行为无效。法院行使这项权力的时候是在履行它在《基本法》下的宪制角色，根据宪法监察政府的行政部门，确保其依《基本法》行事。[18]基于这样的权能，终审法院裁定《入境条例》违反《基本法》的相关内容而无效并予以删除，[19]并裁定撤销入境事务处处长的相关决定。值得注意的是，当终审法院充任宪法监督者这一身份的时候，司法的权威就已经超越于立法和行政权之外了。
