由于此次决策过程缺乏对民主性与程序正当的基本肯认，决策的科学性与理性也受到了很大的影响。这里需要区分决策所依赖的两种不同类型的知识：一类是关于价值偏好和决策目标设定所需要的知识。在这方面，公众具有知识上的优势；另一类是关于政策目标实现手段或技术方案所需要的知识，在这方面专家具有知识优势。[12]行政决策的科学性（或技术理性）主要是指第二类知识的运用。在本文开始，笔者即介绍了行政决策过程的三个角色，其中专家起着非常重要的作用。尤其重要的是，为防止技术专家被政府单方面垄断与俘获，专家知识本身也应当考虑多元性和竞争性。具有不同利益诉求的公众也应当获得专家的支持。只有引入多元的、竞争性的专家咨询和论证，政策的科学性和理性才能在有意义的知识竞争和讨论过程中得以产生。
行政决策的科学性主要涉及以下基本知识：(1)政策制定的社会性事实。即政府通过调查和收集而掌握的各种各样的调查数据、统计分析等数据，并将这些数据公开化，向公众开放，既可以检验事实的准确性和充分性，也有助于公众理解和认同依据这些数据而做出的政策选择；(2)形成决策方案的专业性知识。如方案选择的依据、效果预测、对比分析、成本——收益分析方法，政府应在决策过程中对这些方法提出明确的适用要求，尊重科学方法运用的结果，并向公众展示方案形成的基本过程，接受公众及公众聘请的专家的监督与质询，以期形成知识竞争与方案优化。
就北京市机动车限行个案而言，限行政策的理性化、科学化程度并没有在政策制定过程中得到充分有效的证明。公众对为什么要限、为什么这样限等“方案合理性”问题仍有很大质疑。事实上，有很多研究指出，私车数量激增与公共交通结构失衡、建设不足都是北京市交通恶化的重要原因。限行政策只抓住了前者，而对后者重视不够。改善北京交通必须学会两条腿走路，一条腿是“堵”，即限行，另一条腿是“疏”，即改进交通规划、发展交通设施—前者治标，后者治本；前者是公民负担，后者是政府责任，二者此消彼长。如果政府事先经过科学的评估与研究，如实说明现实状况，合理分担政府公共建设责任与公众负担义务，提出相对明确的交通改善计划，而不是“一限了之”，可以设想新限行方案会更加合理并得到更多的支持。当然，要想获得更优方案并说服公众，显然需要决策者进行大量的信息收集和分析，方案拟定、筛选过程也需要更多的科学分析和论证。
如果这些结构性、科学性的问题不解决，即使政策制定者捕捉到“后奥运初期”的良好契机而出台新的政策，问题可能仍然难以得到解决。实际上，如果仔细观察比较新旧两种限行方案，就会发现新的限行方案对车辆的限制强度与目标（改善交通）实现之间可能并不匹配。正如一些技术专家所指出的，对车辆进行1/5限行可能并不会缓解交通；而既然不能有效改善北京交通状况，维持这种限行方案又有何种意义呢？在这里，我们看到方案的技术合理性问题其实已转化为对政策正当性的质疑。
