运营人承担的是严格责任，并不以过错为责任要件。但是，如果运营人能够证明，尽管采取合适的安全措施，损害系由以下原因之一所致，运营人对之不负责任：（1）武装冲突、敌对行为、内战或暴动；（2）罕见的、不可避免的、不可预见和不可抗拒性质的自然现象；（3）完全是由于遵守工业事故发生所在国的主管当局的强制措施；（4）完全是因第三人蓄意不当行为。而且，如果遭受损害之人或其根据国内法负有责任之人因自身过错导致损害，或促成损害，则赔偿可酌情减少或免除。
　　
　　议定书规定运营人的严格责任，并不意味着排除过错责任。议定书第5条规定：“在不损害第4条的情况下，并且根据关于雇员或代理人的相关国内法条款，任何因其有意、疏忽或轻率的不当行为或不作为而造成或促成损害者，应对此种损害承担责任。”
　　
　　（二）损害的范围
　　
　　议定书第2条第2款（d）项给出“损害”的定义。损害既包括传统的死亡或人身伤害和财产丧失或损坏，也包括恢复措施和应对措施的成本等“环境损害”。恢复措施和反应措施是否应该纳入议定书范围，是议定书起草过程中的一个争议问题。恢复措施源自1969年《国际油污损害民事责任公约》的1984年修订议定书。“恢复措施”指任何旨在恢复或复原遭受损害或被毁坏的跨界水域的构成部分到损害工业事故没有发生时的条件的合理措施，或者在无法恢复或复原时，在适当的情况下，旨在向受损跨界水域引入等量构成部分的合理措施。在工业事故发生后，包括行政机关在内的任何人采取合理措施，防止、最小化或减缓可能的损失或损害、或安排环境清理。这些措施即为“反应措施”。
　　
　　损害还包括收入损失。瑞士代表团曾根据《巴塞尔议定书》第2条第2款（c）项(iii)目拟定收入损失条款，即损害所包括的收入损失应该是“直接产生于通过以任何方式使用环境而获取的经济利益的收入因环境遭到破坏而告丧失，同时考虑可节省的资金和所涉费用。” 在政府间工作组前四次会议中，工作组都认同瑞士代表团的条文。在第五次会议上，奥地利代表团提交第2条第2段（b）项（iii）目的修改意见。奥地利认为，为了确保责任的可保险性和议定书得到广泛接受，工作组仅仅在议定书中设定最低程度的保护。同样，为了实现上述目的，工作组应该将过于宽泛的损害定义加以限制。第2条第2段（b）项（iii）目就不符合上述考虑，因为它规定“经济利益”，而没有提及损害权利。奥地利认为损害应该复原，如果：（1）受害人有权为经济目的用水；（2）水受到损害；（3）收入损失直接产生于该损害，因为受害人无法出于前述目的而用水。为此，奥地利建议修改为：“有权出于经济目的使用跨界水域的人所遭受的直接产生于因为损害而减少用水的收入损失。”[7]工作组于是重新考虑该条文，并最终形成现在的条文。即损害包括“直接源于为经济目的以任何方式使用跨界水域的合法利益因跨界水域遭到损害受损所产生的收入损失，同时考虑可节省的资金和所涉费用。”

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