明确统一监督管理机构并非否认归口管理的必要性。行业主管部门在各自领域内对遗传资源进行归口管理，是实现动物遗传资源高效管理的必要条件。就我国目前的归口管理制度而言，主要有三方面问题应着重解决：首先，明确归口管理机构与统一监督管理机构的职能关系。综合监督管理机构应负责动物遗传资源管理策略、政策的制定和实施，实施综合性的监督管理，并对归口管理机构的工作进行综合协调；归口管理机构应负责本行业和本领域内相关策略和政策制定和实施，并负责本行业和本领域动物遗传资源管理具体工作。其次，合理确定归口管理机构。目前，有些遗传资源归口管理机构是研究机构或者企业。研究机构和企业在能否胜任遗传资源管理工作，是值得商榷的。在进一步立法中，应尽量减少行政授权，将归口管理职权收归相应的行政管理机关行使。再次，补充缺位的管理机构。例如，目前的相关立法没有明确规定海洋动物遗传资源等动物遗传资源的管理机构，专门立法应对此作出明确的规定。
此外，进一步立法还应就动物遗传资源管理程序作出规定，其主要内容应包括两个方面。一方面，管理程序。管理程序主要包括“保护”和“利用”两方面的程序。在“保护”方面，应当明确动物遗传资源保护的原则、制度、主管机关、实施方法（如保护设施和保存设施的建设和运行等）等；在“利用”方面，应当特别明确动物遗传资源获取的申请和审批程序，以及动物遗传资源惠益分享的原则、实现途径等问题。当然，这两方面的管理程序均应规定相应的救济程序，包括行政救济程序和司法救济程序。另一方面，协商程序。由于动物遗传资源管理的各个方面有可能涉及公众利益，因此，在制定重大政策、作出重大决策和密切关系到公众利益的具体行政行为之前，以及在政策、决策和具体行政行为实施过程中，均应充分征求有关公众的意见，以贯彻环境法上的“公众参与原则”。专门立法应当对公众参与的时机、途径、保障、救济等作出明确的规定。需要说明的是，专门立法中关于管理程序的规定仅为动物遗传资源管理提供一般框架，立法不应忽视不同的动物遗传资源本身的差异性。此种差异性必将对遗传资源管理产生不同的要求，进而反映在管理程序之中。为此，可在专门立法的一般框架下，根据动物遗传资源的不同种类，通过进一步立法作出更加具体的规定。
（三）完善权利保护制度
在此，进一步立法应着重关注遗传资源所有权、遗传资源利用权和遗传资源收益权等三方面问题。
早在1962年，《关于天然资源之永久主权宣言》便确立了国家对自然资源享有永久主权原则；1972年《人类环境宣言》原则21和1992年《里约宣言》原则2则从环境保护的角度，进一步确认：各国有按照其本国的环境（与发展）政策开发本国自然资源的主权权利。然而长期以来，有观点认为遗传资源具有特殊性，因而遗传资源为人类共同的财产，并且可以自由获取，其他国家的使用者可以从遗传资源起源国无偿地获取和利用。据此，一些发达国家凭借雄厚的技术实力和资金优势，无偿地利用主要来自发展中国家的遗传资源，获取了巨大的经济利益，并通过知识产权制度对其产品提供保护，但对遗传资源本身却没有提供足够的法律保护。其结果是，发展中国家作为遗传资源的原产国无法获得因利用遗传资源而产生的惠益，甚至使用基于其原产的遗传资源开发的产品还要向发达国家支付费用。这一状况引起了广大发展中国家的不满。在《生物多样性公约》谈判过程中，经过发展中国家的共同努力，遗传资源国家主权原则最终被确认下来。这一原则的确认，对于发展中国家保护其遗传资源免受“生物海盗”的掠夺、获得基于其遗传资源而产生的相关惠益，具有重要的意义。然而，我国的有关立法并未明确规定动物遗传资源归国家所有。这不仅使动物遗传资源保护和可持续利用的权利体系不完整，而且在实践中使国家行使遗传资源收益权缺乏明确的法律依据。2007年动物遗传资源国际技术大会通过的《动物遗传资源因特拉肯宣言》承认国家对其粮农动物遗传资源享有主权，从而使国家就动物遗传资源行使相关权利具备了国际法基础。然而，“主权”与“所有权”的法律内涵并不相同。在主权之下，一国以立法形式对其动物遗传资源所有权作出规定，具有充分的正当性和合法性。我国可以采取《
野生动物保护法》确立野生动物国家所有权的模式，在进一步立法中就动物遗传资源归国家所有作出明确规定。
