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依照《中华人民共和国土地法》，荒山、滩涂应该归县级以上人民政府管辖。而根据其他法律法规，湿地属于河流流域范围，河道的主管部门有权管辖，到底该归谁管没有权威的说法。湿地上的植被属于林业部门管，湿地里的水体归水利部门管，而湿地植物状况是否有碍河道属于河务部门认定。因为没有权威的制度规范协调这些相关单位，出现了部分单位越权行事，有了利益都想拿，而出了问题，都相互推卸责任。
目前来看，国家级保护区由于有规章制约，机构、人员、投入、措施等都比较得力，管理相对较好；省级保护区由于没有明确的法制规范，虽然也成立有专门的管理机构，却不能很好地发挥作用。如河南黄河湿地国家级自然保护区管理局，下设三门峡、洛阳、焦作、济源4个管理分局，各分局下设有保护站和保护点，管理比较到位；而一些省级黄河湿地自然保护区却不能很好地发挥作用，对于那些没有被划为保护区的黄河湿地，人们更缺少保护意识。
（五）对周边居民的生产生活补偿性安置规范欠缺
国家尚未建立居民生态保护补偿机制，造成保护区周边居民生产生活的实际困难，他们没有感觉到保护区的好处，却遭受到现实的损失，不仅有树不能砍、有山不能动、有水不能用、有药不能采、有鱼不能捕,还被保护区的动物和鸟禽破坏了自己的生产，义务多权利少，且保护义务往往超出了自身的承受能力，从而导致破坏的情绪与行为。长期以来,湿地保护在解决与周边村民矛盾时主要依靠拘束性行政命令和义务性法律法规,忽视当地居民生存发展需要,使当地居民与管理部门、被保护动物矛盾激化。
（六）开发利用过程中的具体保护制度不完善
商战中讲究赢在细节，认为细节是魔鬼，湿地的保护性开发也不例外。如对各相关主体的规范、对各相关行为的规范、对各相关事项的规范，鼓励什么、限制什么、禁止什么，如何监督、如何处罚，等等，都需要明晰具体。
（七）监督与惩治规范不力导致法制执行疲软
如早在2004年9月，河南省政府办公厅就下发了《关于加强湿地保护管理的通知》，要求对湿地进行抢救性保护。而2007年，对湿地的大规模破坏行为仍然在明目张胆地进行，职能部门在为监管权争吵，公众在为不可恢复的生态心疼，媒体在为生态公益呐喊，却听不到权威的声音出现，看不到权威人士的介入。实践证明，没有环境公益诉讼制度做最终保障，就无法对人为破坏和行政不作为有效制约。
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