因为行政诉讼与行政赔偿诉讼的出发点是不一样的，所以两者的举证责任制度不同，前者一般由被告负举证责任，后者一般由原告负举证责任。
行政诉讼的出发点是行政行为。在行政程序中，被告行政机关根据行政管理规范作出了自认为合法的行政行为，提出了积极性主张，欲施加于原告一个行政法上的义务，而原告在行政程序中处于防御者位置而已。[41]行政行为实际上是行政机关欲施加于相对人的行政法律义务，行政诉讼实际上是对它的复核，或者说，是对行政机关相对于相对人的主张进行审查，因此，在行政诉讼中，是被告行政机关要为自己行为的合法性负举证义务。
赔偿诉讼的出发点是被害人的诉讼请求，是他欲施加于行政机关的一个法律义务。原告向行政机关提出了一个给付请求，认为被告作出了一个违反了职务义务规范的行为，满足了赔偿责任构成要件，而法院作为非当事人的第三方并不能认识到先前是否有过行政机关及其公务员违法侵犯原告权益的事实存在，所以原告必须承担举证责任。他必须证明损害的切实存在，必须证明行政职权行为和侵害有因果关系，必须证明自己对侵害没有过错，必须证明侵害违反了哪一种义务因而具有不法性。
当然，由于社会的发展，现代举证责任制度发生了变化，产生了推定过错制度，出现了违法过错的一体化与客观过错说，导致了行政赔偿诉讼中被告行政机关肩负证明自己行为合法性责任的情形。这是因为，在行政赔偿诉讼中，以过失为归责标准，须以公务员之主观之认识如何作为判断标准，以致造成被害人欲以一己之力对抗强大国家机关并进而导致被害人求偿受阻，因此，为保护受害人之赔偿请求权充分实现，采过失推定主义，即被害人只要能证明公务员之违法行使公权力致其受损害时，就一般地推定公务员具有过失；而国家如不能为无过失之反证时，即不能免除赔偿责任。[42]也就是说，在原告证明了损害之发生且其与职权行为之因果关系后，法院会推定职权行为的违法性，而行政机关须举证证明自己行为并不具备违法性或过错。这样一来，行政赔偿诉讼中的举证责任发生了转移，产生了类似行政诉讼那样的行政机关当为自己行为的合法性负举证责任的效果。但是我们必须认识到，这种举证责任的分配是出于照顾原告的缘故，而不是像行政诉讼那样基于谁主张谁举证的原理。
也正因为如此，域外行政赔偿诉讼制度在坚持原告举证责任时，又在一定情况下将举证责任转移到被告行政机关身上。比如法国行政赔偿诉讼关于举证的一般规则是，受害人必须证明损害的存在、因果关系的存在和公务过错的存在，但这个规则对受害人要求过严，因此在以下两种情况下，要由行政机关证明自己没有过错：一是档案中的材料或受害人所提供的材料，导致可以怀疑行政机关的结论时，法官可以把举证责任反过来，要求行政机关证明自己没有过错；二是行政法院在某些证明困难的事项上，推定行政机关具有过错，当事人得以免除公务过错证明责任，而行政机关则要证明自己没有过错始能免责。[43]而在德国、日本与我国台湾地区，则通过初步证明责任说来分配举证责任，即因为国家赔偿诉讼中，被害人举证存在诸多困难，故为了减轻原告负担和举证责任，诉讼中只需原告提出初步证据，如果该证据提出后，即足以认定待证事实的真伪与否，被告如果不能证明该证据不实之处，法院应判决被害人胜诉。[44]
也正因为行政赔偿诉讼中原告负举证责任，被告仅进行防御性举证，所以在行政赔偿诉讼中会出现当前行政诉讼法学界与实务界所着力攻击的“法官和被告一起审原告”的现象。比如，赔偿诉讼原告主张被告违法对其实施拘留导致其人身自由权被侵犯，而被告则可能主张原告是因为做出了某些违背治安管理规范的行为因而导致拘留，并为此提供了相当证据，此时，法官为查明真相，就会要求原告提出相应证据证明自己并未作出那些行为或作出那些行为情有可原，原告则不能不就此进行回应，否则有可能承担举证不能之后果。这样，就出现了形式上的法官和被告一起审原告的场面。
（二）被告取证的规则不同
因为行政赔偿诉讼中被告行政机关的举证责任是举证责任转移的后果，是一种防御性举证，而非行政程序中那样的积极主动的举证，所以，行政机关不像在行政诉讼中那样在调查取证方面有时间限制。在行政诉讼中，基于“先取证后裁决”的行政行为基本原则，行政机关只能在行政诉讼之前的行政程序中进行调查取证，而不能在诉讼中调查取证，否则被诉行政行为可能被认为缺乏足够、确凿之证据，并因此丧失合法性。而在赔偿诉讼中，行政机关为证明自己的行为在实体决定上是合法的，并非侵犯原告之合法权益，同时也为了纠纷的最终解决，因此可以在诉讼中调查取证，通过补充证据来证明自己对原告实体权益的处分是合法的，有充分事实依据的。同时，被告为了证明原告自身对损害的发生有过错，也需要在职务行为发生之后调查取证。[45]
