通过上述分析可知，过错推定是立法者在综合权衡生态安全重要价值、可持续发展社会政策以及司法实践中排污行为、危害结果与行为人主观罪过的盖然性联系后以立法形式做出的主观罪过推定，是符合刑事推定的基本原理的。这就使得过错推定在环境刑事立法中的正当地位得以确立，也使得环境刑事立法的功利价值追求成为可能。
2．相对严格责任中的“举证责任倒置”保障环境刑事立法公正价值追求的实现。
根据相对严格责任，若存在客观因果联系，则行为人的主观罪过被初步推定存在。此时引起举证责任倒置，行为人应当针对这一过错推定进行反证，举证证明自己不存在主观上的故意或过失，否则，对于行为人的过错推定将最终成立。之所以在“过错推定”之后设立“举证责任倒置”，主要的考虑在于，“推定不同于证明，它是以经验常识为依据的，而经验常识作为一种对过去生活经历和体验的归纳，必然将许多先后联系混同于因果关系，并且必然遗漏一些待归纳的事项，因而这种归纳肯定是不完善的。它是一种从个别到一般、从有限到无限的跨越，这种跨越不能得出具有必然性的结论。可见，推定只是一种较大的可能性，不等于必然性，其准确性低于证明。因此，为了增加推定的准确性和客观性，推定制度赋予相对方以充分的反驳权利以推翻推定。”[19] 可见，相对严格责任中的“举证责任倒置”是与“过错推定”相对应的必要程序设计，它赋予被告人充分的反驳权利，使得被告人针对对自己的过错推定进行抗辩，以保护自身合法权益成为可能，从而有效的保障了环境刑事立法公正价值的实现。
然而，“按照
刑事诉讼法的规定，控方承担举证责任是刑事诉讼的一项基本制度，这一制度反映了无罪推定原则的基本要求，为被追诉者在诉讼过程中充分行使诉讼权利奠定了牢固的法律基础，并成为任何人免受无根据或不公正的定罪的重要保证。”[20]于是，这种在环境刑事立法中将主观罪过的证明责任倒置，由被告人举证证明罪过不存在的做法遭到了学界质疑。一些学者们认为，举证责任倒置实质上是将主观罪过的证明责任分配给了被告人，这显然违反了刑事法的无罪推定原则，并且与
刑事诉讼法中证明责任分配的基本原理不符。事实上，只要深入分析，上述质疑最终都能得到合理解答。
首先，就举证责任倒置与无罪推定原则的关系而言，我们不否认二者之间一定程度的冲突，但应进行深层次的剖析。众所周知，在罪行擅断的封建时代，人们以无罪推定，罪刑法定为武器，旨在强化被告人的人权保障。而到了现代社会，“一方面人类探索自然奥秘的能力空前提高，另一方面个人又变得比过往岁月更脆弱；一方面民众摆脱政府监控、争取自由的愿望空前增长，另一方面公民又比以往任何时候更依赖政府，这两大悖论的调适关系，最终将决定国家刑事政策的价值定位和刑事法制的变动取向。”[21]因而，以被告的人权保障为重心的传统价值观已不完全适合当代社会发展的需要，社会整体利益应得到相应的尊重，这预示着无罪推定原则应受到一定程度的限制，而这种限制是正当的也是合理的。具体到环境
刑法中，实行举证责任倒置的相对严格责任的制度设计正是以此为出发点的应然选择。在此，我们必须明确：举证责任倒置不是对无罪推定的否定，相反，它是对无罪推定原则无法在环境犯罪领域良性运作局限的有益补充，“是在软化无罪推定的刚性，是综合权衡社会利益的结果”[22]。因为，我们在引入实行举证责任倒置的相对严格责任时并未将其作为一项普遍性的原则，而是作为应对环境犯罪这类特殊犯罪的一项例外规则，并对其设定了严格的限制，是原则之外的例外，并不干预无罪推定在整个刑事犯罪领域的运作。应当认识到，“犯罪论的构建，原则上必须保持‘评价观点的统一性’，以便体系不会自相矛盾。但是，体系的纯粹性并不要求个别命题的最终一致。如果它能被证明是可信的，且不会挣脱体系的联系，那么，这种例外是能够得到承认的。”[23]
其次，就举证责任倒置与刑事诉讼证明责任分配基本原理的关系而言，二者仍是特殊与一般的关系。“虽然按照无罪推定原则的基本要求，控方举证一直是指导各国刑事举证责任制度立法及司法的一条黄金定律”[24]，这被认为是程序正义的一般要求，“然而追求程序正义不能仅注重形式上的正义，要考虑当事人地位的悬殊，尤其在举证责任的分配上要体现实质上的程序正义。”[25]这就意味着，除了由控诉人举证的一般规则外，举证责任分配还应存在特殊规则，即举证责任倒置。总的说来，我们在环境刑事立法举证责任制度设计上的特殊考虑源于以下认识：一方面，“当某一法律的主旨是规范对公共健康、安全或道德具有潜在危险而公民对参加与否有选择权的特定活动时，法院可能会觉得必须推断国会的目的是通过刑事制裁赋予那些选择从事这些活动的人更高的注意义务”，[26]并且使他们在刑事诉讼中承担较一般刑事被告人更多的诉讼义务，这是维持社会正常运行的必要选择；另一方面，“基于诉讼上的考虑，如果一争议事实在被告的信息范围之内，而不在原告的信息范围之内，或者考虑到辩护的性质，由控方承担举证责任会导致法律很难或无法实施时，立法可以例外要求辩护方承担举证责任。”[27]事实上，“刑事诉讼本质上是一个利益的实现过程，这一过程充满了各种相互矛盾的利益的冲突，……同时这些利益在社会生活中又都有着不可忽视的独特功能，过分牺牲任何一种利益来追求另一种利益都是不可取的。因此，各主要国家和地区在司法制度和诉讼程序的设计上都尽量实现统筹兼顾，以确保综合效益的最大化，如许多国家在确立非法证据排除规则的同时又设置了若干例外，在肯定沉默权的同时又规定在少数法定情形下犯罪嫌疑人、被告人必须陈述，等等。举证责任的分配亦是如此。……司法实践中总有些事实是辩方容易举证而控方难以举证甚至无法举证的，硬性规定所有事实都必须由控方举证，必然会导致有些事实控方难以证明而无法查清案件事实，导致因疑罪从无判决过多而使大量犯罪者逃脱法律制裁，最终损害实体真实的发现和社会秩序的保护。”[28]具体到环境犯罪案件中，致害企业“排他性的独占了科学技术上的知识，掌握着犯罪证明的关键，……即便是拥有强大搜查权限的国家，对企业一方来说，也不好说就是强者”[29]，所以举证责任倒置未必是对被告不公正的待遇，那只是一种误导人的表面现象。这里，只要考虑到环境犯罪司法实践的实际状况，以及被告人在诉讼证据上的优势地位，“举证责任倒置”似乎就不再那样令人难以接受。
