其次，非法定主体取得之证据也未必经过转化即可取得证据能力。实践中，非法定主体也可能以违法方式进行取证，如行政机关以威胁、欺骗、引诱等方式取得证据，或者私人以极端反人性的方式取得证据（如私人对嫌疑人刑讯逼供）。上述证据因为取证手段严重违法，其所获证据自始应无证据能力，但如果侦查机关事后以重新提取等方式对证据进行了转化，是否即可据此获得证据能力？例如，行政执法机关在办理行政违法案件中，为取证对行政相对人进行了严厉讯问，迫使行政相对人如实交待了违法事实，后行政执法机关发现该案涉及刑事犯罪，于是将案卷材料及嫌疑人移交警方处理，警方遂依据案卷材料的内容重新对犯罪嫌疑人进行讯问，犯罪嫌疑人无法区分两次讯问有何不同，考虑到前一次已经作了有罪供述，因此面对侦查人员的讯问再次作了有罪供述。那么在该案中，犯罪嫌疑人在警方所作的有罪供述能否作为证据使用？如果按照证据“转化”规则的观点，虽然行政执法机关并非法定取证主体，所获口供无证据能力，但该口供后来经过侦查机关以重新讯问的方式进行了“转化”，转化后的口供当然即可取得证据能力，可以作为呈堂证供。但是，该观点显然与前述“毒树之果”原则相悖，因为，行政执法机关的刑讯逼供已经构成违法取证，所获证据为非法证据，自始即无证据能力，虽然事后侦查机关经重新讯问再次获得了嫌疑人的有罪供述，但后一供述（衍生证据）显然是在前一供述（原始证据）的基础上作出的，属“毒树之果”，不应具有证据能力。由此可见，证据“转化”规则主张非法定主体违法取得之证据亦可经转化而取得证据能力，与非法证据排除规则以及毒树之果原则是直接相抵触的。证据“转化”规则允许非法定主体违法取得之证据也可经由转化而取得证据能力，无异于允许变相采用纪检监察机关、行政执法机关违法取得之证据，而如前所述，这势必将架空非法证据排除规则，导致违法取证行为的泛滥成灾。
（二）证据“转化”规则可能侵及被告方的辩护防御权
证据“转化”规则允许不同证据种类之间的转化、适用，例如，允许将技侦所获视听资料转化为犯罪嫌疑人供述，或者将证人证言转化为书证。但是，不同种类的证据在调查方法上本有所不同，任意转化证据种类，可能侵害到被告方辩护防御权的行使。
首先，我国司法实践中普遍存在着警察不愿出庭作证而是转化为“情况说明”等书面证据的现象。在法庭审判过程中，对于案件侦查过程中的一些问题如案件来源、抓获经过、寻找作案工具未果、自首立功等存有疑义的，本应由负责侦办该案的警察出庭作证，但实践中，侦办案件的警察出于多方面的考虑，一般不愿出庭作证，而是以出具书面情况说明的方式进行阐释，公诉人在庭审中往往也将“情况说明”列为书面证据直接向法庭出示。警察不出庭作证而是转化为书面证据的做法，直接损害到被告方的辩护防御权，因为，警察不出庭作证，被告方事实上就无法与其进行对质，对其证言进行质证。
其次，在侦查机关采用秘密侦查措施如诱惑侦查、使用耳目（线民）、技侦等手段破获犯罪的案件中，侦查机关出于保护秘侦手段不外泄、保护线民或卧底警察的身份不外泄等保密工作的需要，在向检察机关移送案卷材料时，均隐藏了线民和卧底警察等的真实身份，而转化为以同案犯，并以“在逃”、“另案处理”为由，不移送相关证据材料。由于在案卷中并无侦查机关采用秘侦措施的任何证据与信息，被告方根本无从知悉相关事实真相，更谈不上进行有效的抗辩与质证。这种证据运用模式，隐藏着侵犯被告人人权的重大隐患。例如，我国司法实践中曾经出现过这样的案例：一审时，被告人曾经提出线人引诱问题，称没有归案的交易“上手”为警方线人，其是在线人引诱下才购买毒品，要求以犯意引诱为由从轻处罚。但一审法院通过阅卷查明，此案的破获得益于群众的举报，有案件的破案报告及举报材料为证，至于交易上手没有归案是因为当时警力不够未能抓获。于是一审法院并没有采纳被告人的辩护意见。被告人不服，并继续以此为由提出上诉。后二审法院到侦查机关调查发现，没有归案的交易“上手”确为警方线人，而卷宗中的破案报告则系伪造，原来案件并非起因于群众举报，一切均在警方的控制之中。二审法院遂以存在线人引诱嫌疑为由将此案发回重审。[14]在该案中，侦查机关隐藏了线民的身份而将其转化为同案犯，并以抓捕时警力不够致使同案犯在逃为由，未向法庭移送相关证据材料，由于缺乏相关证据材料，一审中即使被告抗辩其被线人引诱，辩护意见也未被一审法院采纳，若非二审法院主审法官明察秋毫，亲自调查取证查明事实真相，则又将出现一宗错案。
