三是对证据如何审查和判断不能准确把握，适用存疑不起诉的程序标准不一。实践中的做法往往是办案人员将证据不足可能作出不起诉决定的案件交由检察委员会讨论决定，这从根本上解决不了审查判断证据标准统一的问题。即使在一个检察院能够统一疑罪不诉的证据审查判断标准，却难以实现在不同的检察院之间做到统一。
四是侦查人员的证据意识不强。有些地方的侦查机关或者部门在收集、固定、保全证据时未能做到“及时、合法、全面”，导致相当一部分案件失去了获得证据的最佳时机，即使是检察机关退回补充侦查，也往往因为时过境迁无法再收集到相关证据，只能作出不起诉的处理。
五是疑罪不诉决定作出之后“新证据”存在问题。其一，新证据与起诉条件的关系。作出疑罪不诉决定之后所发现的新证据，并不要求其单独具有证明案件事实达到起诉条件，而是足以弥补案件事实不清、证据不足的缺陷，与原来所取得的证据结合在一起使得案件事实和证据符合了起诉的要求即可提起公诉。其二，存疑不诉后发现新证据再行起诉的合理性。我们认为有合理性，从法律效力上讲，不起诉决定只是从程序上终止了刑事诉讼，并不具有实体处分的性质；或者说，对于已经作不起诉处理的案件，因为没有既定的判决，不存在国家刑罚权用尽的问题。但为保障被不起诉人的权利，应加大对疑罪不诉案件的补查力度，尽量缩短查清案件的时间，并且对疑罪不诉后的再起诉规定一个合理的期限，如检察机关在该期限内未能提起公诉的，不再保留公诉权。其三，调查新证据的主体。应由检察机关来启动和主导对疑罪不诉案件新证据的搜集，但在疑罪不诉决定被撤销前不可擅自使用侦查手段。
完善疑罪不诉证据制度的构想
完善我国疑罪不诉的证据制度，应坚持惩罚犯罪与保障人权并重原则、公正与效率兼顾原则、宽严适当原则和国情原则。具体设想和建议是：
1.细化公诉证明标准，使其既具有原则性又具有可操作性，真正发挥对于审查判断证据的指导作用。考虑到多方面的因素，提起公诉的证明标准应与判决标准相同或基本相同，但又有自己的特点。具体表述为：“人民检察院对案件审查后，认为具备了可予定罪所需的确实、充分的证据，应当作出起诉决定，法律另有规定的除外。”其中，“确实、充分的证据”是对起诉证据质和量的要求，“确实”要求证据具有客观真实性，“充分”要求具有证据的证明力和证据的量足以证明待证事实，也可以表述为“足以证明构成犯罪”，而这种证明具有四个基本特征：一是相互印证性；二是协调性；三是证据锁链的闭合性；四是证明结论的唯一性。这种要求与我国现存的有罪判决证明标准基本一致，略有差别。无论从理论上还是各国的司法实践经验来考量，检察官起诉前根据现有证据对定罪的可能性进行评估是必要的。由于刑事案件种类繁多，在所有刑事案件中适用完全一致的起诉证明标准不能适应司法实践的需要。因此，笔者认为，在确立统一的起诉证明标准的前提下，应针对不同种类的案件，制定有差异的、更加具有可操作性的起诉证明标准。
