(三)“重配合、轻制约”的协调机制导致隐性超期羁押严重
刑诉法对公、检、法三家诉讼角色的定位是“分工负责，互相配合，互相制约，以保证准确有效地执行法律” 而司法实践中公、检、法三家之间配合协调为常态，监督制约为例外。由于长期工作中形成的良好关系，公、检、法三家办案人员为弥补办案时限上的不足，常常通过违规操作“互借期限”，达到规避法律的目的。[3] 如在换押证上填写提前或滞后的不真实时间，掩盖某诉讼阶段的超期或滥用退回补充侦查、建议延期审理和延期审理变相延长诉讼期限。此外，公、检、法各部门因办案期限不够或办案效率不高也存在着任意延长羁押期限或利用法律规定的模糊和疏漏不计或重计羁押期限，导致犯罪嫌疑人被隐性超期羁押，其他两部门在审查案件中即使发现另一部门任意延长羁押期限的问题也往往基于“配合”考虑而不予监督。
(四)“保障诉讼”目的之下非法证据难以或不予排除
尽管法律规定刑讯逼供或以其他非法方法收集犯罪嫌疑人、被告人的供述、被害人陈述、证人证言不得作为定案的依据，但由于证明证据不合法的责任通常被强加给辩方，因而诉讼中缺乏一种足以排除这些非法证据的有效机制。“特别是对以非法手段收集的言词证据的证明，除非因侦查人员刑讯造成了被刑讯人死亡、伤残等严重后果，或因侦破其他案件而抓获真凶使案件真相大白，否则，即使承办案件的司法人员在相当大的程度上怀疑该口供系侦查人员违反法定程序所得，亦无法以确凿的证据证实该口供属非法证据并予以排除。”[4]目前，一名侦查人员讯问犯罪嫌疑人或两名侦查人员在同一时间段讯问两人以上的犯罪嫌疑人成为违反程序取证的主要表现方式；从“毒树之果”理论看，这种违反法定程序所获取的证据不应用于诉讼，然而，为保障诉讼之所需，检察机关审查批捕、起诉的同时仅以发送《纠正违法通知书》方式予以纠正。
二、在刑事诉讼活动中保护犯罪嫌疑人、被告人人权的重要意义
在整个法律体系中，刑事法律与人权的关系可谓最为紧密。一方面，人权天然需要刑事法律的保护，另一方面，刑事法律对人权的保护又是国家通过动用刑罚权、惩罚犯罪来实现的，刑罚的运作过程，包括在制刑、求刑、量刑、行刑等环节，都不仅关系到人的一般性权利和自由，甚至关系到人的身家性命，刑事法律使用不当或使用中发生错误，便会直接导致侵犯人权的后果。[5] 因此，保护实体权利和程序权利只是人权保障的具体要求，刑事诉讼中的人权是实体性权利和程序性权利的统一体。在刑事诉讼中，程序性权利是为实体性权利服务的，只有两者同时得到充分保障， 才是刑事诉讼人权保障的理想状态。[6] 对基本人权的刑事诉讼保护，体现在两个层次：第一个层次是不言而喻的，指在实际生活中这几种基本权利遭受刑事犯罪侵害时，应当有相应的刑事诉讼制度加以救济。第二个层次则较易被忽视，即刑事诉讼场域的所有人在诉讼过程中都应当充分享有上述基本人权，国家有义务从制度和实践两个层面对此予以充分保障。刑罚的制行、求刑、量刑、行刑都需要检察机关的参与，但最直接最紧密地表现在刑事诉讼活动中，《中华人民共和国人民检察院组织法》第5条明确规定了各级人民检察院的职权：“对于叛国案、分裂国家案以及严重破坏国家的政策、法律、法令、政令统一实施的重大犯罪案件，行使检察权。对于直接受理的刑事案件，进行侦查。对于公安机关侦查的案件，进行审查，决定是否逮捕、起诉或者免予起诉；对于公安机关的侦查活动是否合法，实行监督。对于刑事案件提起公诉，支持公诉；对于人民法院的审判活动是否合法，实行监督。对于刑事案件判决、裁定的执行和监狱、看守所、劳动改造机关的活动是否合法，实行监督。”检察机关的职权定位使检察机关成为刑事诉讼中重要角色，又因其角色的特殊性———国家的法律监督机关，其在刑事诉讼中承担人权保护的责任重大。
