其次，中外合作企业中经营各方权利和义务失衡。我国的中外合作经营企业大多采用有限责任公司形式。根据《关于外商投资的公司审批登记管理法律适用若干问题的执行意见》，任何形式的中外合作经营企业都是有限责任公司。在这类有限责任公司中，按照《中外合作企业经营法实施细则》的规定，合作各方可以约定向合作企业投资或者提供合作条件，而合作条件可以是货币、实物、工业产权、专有技术、土地使用权等。根据《实施细则》的规定，合作各方缴纳投资或者提供合作条件后，应当由中国注册会计师验证并出具验资报告，由合作企业据以发给合作各方出资证明书。这就产生一个疑问，经过验资程序的投资和合作条件是否都是注册资本的组成部分，如果合作条件也是注册资本的组成部分，那么其和投资又有什么区别呢？创设这样一个法律概念的必要性何在呢？而根据《实施细则》规定，合作企业的注册资本是指合作各方认缴的出资额之和，合作条件显然不是注册资本的组成部分。中外合作经营的大量案例表明，在实践中，外方的现金出资通常作为合作企业的注册资本，而作为中方合作条件的实物、工业产权、土地使用权和专有技术则不作为注册资本。这样就可能导致中外合作企业合营各方权利义务的严重失衡。这些不作注册资本的合作条件能否成为合作企业的财产呢？对作为合作条件的财产，是否可以成为合作企业债权人实现债权的标的呢？如果答案是否定的，那么，实际上只有提供现金出资的外方投资者对公司债务承担了有限责任，提供实物等作为合作条件的投资者却没有对公司的债务承担有限责任。在有限责任公司中存在对公司债务不负有限责任的股东，这和作为公司法律制度基石的有限责任制度相悖[1]，也有违起码的公平和正义。实践中，这种现象也确实引起了境外和国外投资者的强烈不满。
另外，中外合作经营企业的中外合作者提前收回投资的规定有违法理。《中外合作经营企业法》规定，如果合作合同约定合作期满时合作企业的全部固定资产归中国合作者所有的，经批准可以在合作合同中约定外国合作者在合作期限内先行回收投资的办法。外国合作者在合作期限内先行回收投资的，中外合作者要对合作企业的债务承担责任。而根据《中外合作经营企业法实施细则》的规定，外国合作者在合作期限内先行回收其投资的方法可以有三种：（1）扩大外国合作者的收益分配比例；（2）外国合作者在合作企业缴纳所得税前回收投资；（3）经财政税务机关和审查批准机关批准的其他回收投资方式。根据原外经贸部《关于执行＜中外合作经营企业法实施细则＞若干条款的说明》，其他方式是指允许外国合作者提取合作企业固定资产折旧费。外国合作者提取合作企业固定资产折旧费而使该企业资产减少的，外国合作者必须提供由中国境内的银行或金融机构（含中国境外的银行或金融机构在中国境内设立的分行或分支机构）出具的相应金额的担保函，保证合作企业的偿债能力。上述规定存在以下缺陷：（1）如果中外合作企业是有限责任公司，就不能要求合营方承担认缴的出资额以外的责任。有限责任的基本内涵就是股东以其认缴的出资额对公司的债务承担责任。尤其是《中外合作经营企业法》规定外国合作者提前收回投资，中方合作者也要因此和外国合作者一样承担债务责任，不尽合理；（2）以提取折旧的方法提前收回投资违反《企业财务准则》和《企业财务制度》，固定资产折旧是固定资产的价值转移形式，它首先转移到产品成本或经营成本中，然后通过销售收入或营业收入而获得补偿，以保证企业的资本维持，提走固定资产折旧会违反资本维持原则；（3）银行和金融机构为用提取折旧的方法提前收回投资出具保函不可行，因为银行和金融机构出具保函需要有反担保，如果由中外合作企业出具反担保，上述担保就没有意义，而且出具保函时，保函的受益人还没有产生；（4）境外合作方提前收回投资以中方合作方取得合作企业清算时的剩余资产为前提貌似公平，实则对中方合作者不利。虽然合作合同约定剩余资产归中方合作者，但如果届时合作企业清算债务后没有剩余资产，这个约定就不能给中方合作者带来利益；即使清算时合作企业有剩余资产，但这些资产通常都是机器设备，这些机器设备使用多年后的残值很低，甚至是应当淘汰的机器设备，同样不能给中方合作者带来利益。
