（二）行政许可，还是其他？
对于企业登记制度，行政法理论有比较深入的探讨。不过，对于企业登记的行政法属性，行政法理论也有不同意见。
有学者认为，企业登记是一种特殊的行政许可。与抵押登记等不需要审批的登记不同，企业登记是一种需要由国家机关审批的登记，本质上属于行政许可的一种，是行政审批制度的一个重要组成部分[10]。但是企业登记中的审批，行政机关没有自由裁量权。企业登记是一种羁束性行政行为。
不过，有理论认为，企业登记与行政许可有本质区别。根据《中华人民共和国行政许可法》第二条，行政许可是指“行政机关根据公民、法人或者其他组织的申请，经依法审查，准予其从事特定活动的行为”。行政许可的前提是普遍的限制与禁止，许可过程的实质是国家机关根据申请人的申请条件而决定是否给予该特权或者是否恢复其自由。在现代法制条件下，虽然国家干预经济的现象比较突出，但是放松管制的思潮兴起，企业设立受到的限制越来越少，甚至商业活动的从事也并不一定要事先经过登记。也就是说，企业从事经营活动的权利能力得到了普遍承认；相反，行政许可之中存在的普遍限制已经越来越少。只要申请人的条件符合要求，行政机关没有任何自由裁量的权力。一旦有申请，行政机关的行为实质就是确认。行政机关行为的效力就在于认可企业的资格。因此，企业登记是一种行政确认行为，是行政许可法中所界定的资格认可[11]。突出登记的认可性质，可以最大限度地排除国家机关对设立活动的干预，最大限度地保证当事人设立企业以从事经营活动的自由。
虽然把企业登记定性为行政确认符合私法自治的基本理念，也符合国家管制的基本发展趋势，但是国家机关在登记过程中要规定一定条件，并且都或多或少地具有一定实质审查权力。即使是企业设立的准则主义立法例下，实质审查权也是存在的。所以，把企业登记定性为行政确认有失偏颇。企业登记又与纯粹的房屋登记不同，后者根本不会让行政机关有任何的实质判断的权力。正因为如此，有学者又把行政许可与行政确认相区别[12]。
由此观之，要在行政法的框架中来考察企业登记制度的性质，也难以得到一个清晰的结论。
