笔者认为，造成上述结果的根源在于对企业登记制度功能定位的偏差。在我国，现行企业登记制度的功能主要定位于市场准入控制。与此相对应的是，企业登记制度最主要也是最原初的信息公示功能反而居次了。有关企业登记信息应当方便社会查询，但是有关企业信息的收集并不完全，全国性的查询系统也没有建立。登记机关没有树立为社会进行信息服务的意识，而企业的相对方也没有养成充分利用相关信息的习惯。的确，交易安全的保护、债权人利益的保护是企业登记制度的根本目的，但是保护手段的选择却并不唯一。如前所叙述，既可以选择方便交易相对方对相关信息的获得，也可以选择进行准入控制，强制规定设立门槛而限制信用度低的企业进入。不过，我们在进行任何制度选择时都应当对两个方面保持一定理性：一是制度本身实现立法意图的实践效应，一是该选择本身的负效应。在企业登记制度上，立法者缺乏考虑的恰恰正是这些。为了使市场准入控制能够得到很好的实施，法律必须强制登记机关进行实质审查，并且对进行虚假登记行为以及有关机关工作人员的违法登记行为进行严厉的处罚。但是，有关登记制度的责任事实上却很轻，不足以制止违法行为。同时，要求规定登记机关对每一项登记申请进行实质审查也不可能。因为登记机关没有相应的人力、物力来负担如此重任，实质审查的责任压力也使得登记机关在此望而却步。根据行政法基本原理，实质审查意味着相关第三人有起诉行政机关以要求赔偿因为违法行政行为给自己造成损失的权利。况且，即使行政机关能够在企业设立时进行过滤，但这些静止的条件满足也难以保证企业的动态信用符合立法者的期望。所以，企业登记制度不仅不能够实现立法意图，反而还有至少以下几方面的严重负面效应：高门槛限制了企业设立自由，不利于社会交易效率价值的实现；登记机关进行实际意义不大的活动，实际是行政资源的浪费、国家管理活动效率的损失；诱导虚假登记以及虚假证明等违法行为大量出现，造成对法制尊严的危害；给有关机关工作人员制造腐败机会。
事实上，由于把企业主体资格取得与营业资格的取得合二为一，我国的企业登记制度还成为国家进行市场准入的特殊控制工具。在企业设立章程中规定经营范围，不是设立者的自愿选择，而是法律的强制规定，企业设立不是以设立证书为证明依据，而是以营业执照为基本依托。营业执照制度产生于改革开放之初，当时国家对经营行业进行普遍的限制，所以登记前置审批的项目相当多。一般而言，企业要从事某项业务，必须在成立前取得相关许可，从而使企业在成立时同时取得从事某项经营的权利能力，营业执照就成为执行特殊准入制度的基本法律工具。我国现在已经确立了市场经济基本体制，加入WTO后市场开放程度也将越来越高，特殊准入限制反倒成为例外。如果说设立企业、从事某种经营还是一种特权[19]，把企业登记制度作为营业准入控制的做法实质是计划经济体制的必然产物；而在实行市场经济的今天，这已经成为诟病。
