分税制将税收按税种的不同分为国家税和地方税，地方财政有了法定的征收范围和利益保障。而且相应设立了两套税收征收体制——国家税务局和地方税务局，在某一行政区域既有国家税务局又有地方税务局，两者并行不悖，各自履行职权。但在管理体制上却迥然相异，国家税务局属于垂直管理体制，即某地的国家税务局只服从上级国家税务局垂直领导，属于完全的条条管辖；而地方税务局则不同，其既服从上级地方税务局的指导，同时又接受本级人民政府的领导，属于条块管辖。这一财政行政管理体制的变化说明，财政联邦制不可能不对行政体制乃至宪政体制产生影响，财政的地方自治既然是经济领域的层级政府间的利益博弈就不可避免地引起政治体制的变革。可以说，目前中国税务机关与其他国家机关在体制上相互抵牾，人们有时似乎很难理解，在长期中央集权的体制中怎么能够容忍一个与中央平起平坐的地方机构存在？其根本原因在于，地方经济的发展所形成的利益必然寻求政治上的认同和保护。经济权力的扩张，改变了地方在国家结构体系中的法律角色，使地方由中央集权体制下的中央政府的附庸转而变成了代表自身利益和经济独立性的法律主体。由于中国的地方财政预算正式脱离了中央政府的控制，预算案不再由中央政府批准而改由地方人大批准。省级政府对省级以下各级政府的转移支付也完全由各省自行决定。庞大的预算外资金更是完全自由支配，并不与中央财政分成。因此，可以说，分税制使地方政府有经济能力成为一个独立于中央政府的公法人。[13]上述政治体制的裂变是在市场经济的压力下形成的，经济自由化暖流可以逐渐消融中央集权的政治意识形态的坚冰。这不可能是理性的政治家或法学者所谓制度设计的结果。
分税制作为中国财政联邦制的标志，在实施以后产生了一系列的积极效应。通过分税制改革建立起来的财政体制使得地方财政权力获得了扩张的空间，地方政府从中央政府手中取得了越来越多的财政独立性。可以说，分税制的财政体制是我国集权财政体制向分权财政体制转变的一个拐点。而且分税制也规范了政府间的财政分配关系、建立了财政收入稳定增长机制、规范了财政收入分配秩序。然而，分税制的财政体制在实施以来也暴露出了一些问题，如地方财政尤其是县乡财政困难和财政秩序的严重失调、地区间财政能力差距日趋扩大以及税收征收成本的加大。当然，上述问题并不一定是分税制本身的必然结果，更深层次的危机出自宪政体制的不支持。根据国外的财政地方分权经验，财政地方自治应具备以下基本条件：第一，法制要完备，这是财政自治的准绳。第二，事权决定财权，各级政府事权划分应明确，这是财政自治的基础。第三，税收体制要合理、完善，这是财政自治的重要条件。第四，财政体制科学并保持相对稳定，这是财政自治的核心。第五，要有一个与宏观调控适度的中央政府，这是财政自治的根本保障。[14]可以说，从根本上讲，中央和地方的财政分权必须建立在法治主义的基础上，即财政分权体制必须有明确的宪法、法律依据。但由于中国财政法治的缺失，使得分税制的财政体制缺乏制度的保障。宪法和法律并未确认完整的地方财政权，导致分税制的财政体制从一开始就不具有法治基础。而且，分税制的财政改革主要是由政府推进的，没有宪法和法律的依据，缺乏法律的规范和指引，这必然导致分税制改革刚一启程便误入迷途。此外，分税制的一个重要原则是事权决定财权。事权为财政分权提供标准和依据，财权与事权对应才能保证地方自主决策的空间。从理论上说，事权决定财权意味着中央政府首先必须确定地方的支出责任，才可能达成对税收收入的合理分配。然而，中国的地方与中央在财政支付上的责权划分迄今仍相当模糊，这是一种极不正常的情形。美国经济学家RoyBahl曾指出，这是发展中国家财政分权改革中一个常见的本末倒置现象。[15]上述体制上的障碍不清除，分税制改革在中国将命运多舛。
