在“欧共体生物技术案”的裁决中，[10]WTO专家小组认定，欧盟及其成员国主要出于政治而非科学标准来证明其限制贸易的食品安全措施的合法性，显然有违SPS协定；它再次阐明了科学在规制措施采取前的卫生与环境风险评估中的中心作用——“科学的这种作用甚至超过国际标准”。专家小组还指出，不能仅仅依靠不内行的非政府组织报告或同行在杂志中提出的一般性科研意见，因为它们都未能提供特定的基于科学的卫生或环境风险评估，没有“考虑到相关国际组织制定的风险评估方法”，因此不足以构成“充分的基于科学的风险评估”；因为联合国系统下的食品法典委员会以及国际植物保护公约组织、世界动物卫生组织都存在相关国际标准。当然，专家小组也承认，立法者主要依据科学家们在计算如何达到“适当的保护水平”时所评估的“安全”程度，来管理那些潜在的产品风险，以达到其保护健康与安全的目标；它们甚至会对评估何种风险的问题产生影响，故科学家们通常也会首先确定并分析特定产品引起的潜在卫生与环境风险的存在与否或风险大小。但是，专家小组不同意“表明某一风险评估必须充分满足规制方立法者目标”的要求，惟一相关的问题是，科学证据与实施第5.1条所要求的风险评估的义务。”
（二）风险预防措施的严格适用性
SPS协定本身并未明确所有的法律问题，最引起争议的是，潜在地体现于该协定第3.3条和第5.7条的“风险预防原则”。根据第3.3条规定，如存在科学依据，则各成员可采用或维持比根据有关国际标准、指南或建议制定的措施所可能达到的保护水平更高的卫生检疫措施；第5.7条规定：“在有关科学证据不充分的情况下，成员方可根据现有的相关信息，包括来自有关国际组织以及其它成员方实施的SPS措施的信息，临时采取某种SPS措施。”在“牛肉激素案”中，WTO上诉机构认为第5.7条在一定程度上体现了风险预防原则，并指出，“在面临不可逆转的风险时，如造成对人体健康的终生损害，负责任的、代议制政府通常会审慎行事”。但是，它回避了对该原则本身的法律地位的判断，认定它尚未作为一项例外规则写入SPS协定，是一个“有待继续争论”、“尚未明确的”问题。这就意味着，“风险预防”措施必须在协定内严格适用：首先，如有充分科学证据来进行适当的风险评估，则排除采取临时措施的权利；其次，成员方还须寻求进一步的证据资料并在合理期限内评估临时措施。因此，上诉机构通过着眼于具体的程序规则，为风险预防原则在WTO体制内的适用设置了门槛——“只有当存在真正的科学不确定性时方可适用”。[11]
既然“风险”是指可能性而不是实际损害，那么，卫生与环境风险规制本身便承认了客观性的科学知识的局限性，而需要涉及对特定风险的主观性的社会价值判断。因此，在可得到的科学数据不确定，且就相关风险的社会价值判断问题上存在争议的情况下，最容易产生争端。正如WTO及各成员有关SPS争端的实践所表明，科学不确定性的出现使得很难在决策的科学与政治方面维持明确的界限。“澳大利亚鲑鱼案”就提出了这样的问题：进入风险评估程序中的政策因素，究竟是一种对科学不确定性的有效应对，还是让不可接受的政策风险评估因素介入科学风险评估？[12]上诉机构指出：“不仅包括在严格控制条件下的科学实验操作中可查明的风险，而且指人类社会的风险，如同它们实际上存在，换言之，在人们生活、工作与死亡的真实世界中的对人类健康的负面影响的实际潜能。”所以说，WTO争端解决机构并未否定政策选择对科学因素的影响，承认影响公众风险感觉的非科学因素。但是，它试图通过给风险评估施加苛刻的程序要求来解决这一问题：在“日本水果品种案”中，上诉机构提出了4项累积性要求：（1）“在相关科学信息不充分”的情况下实施；（2）基于可获得的可靠信息；（3）寻求获得更客观风险评估所需的附加信息；（4）在合理期限内审查该措施。
在“生物技术案”中，奉行“安全胜过遗憾”（better-safe-than-sorry）哲学的欧盟反复强调，根据SPS协定第5.7条，科学不确定性不是避免采取风险预防措施的理由，而第5.1条所要求的常规的科学风险评估并不足够，因此必须首先防止风险物质的产生；而且“科学不确定性”与“不充分的科学证据”是可以互换的概念。但专家小组再次重申，必须全部满足前述4项累积性要求，从而认定欧盟及其成员国无资格适用第5.7条；“不充分的科学证据”并不成为豁免风险评估要求的借口。首先，第5.7条中“不充分的科学证据”并不允许WTO成员国绕过第5.1条中关于风险评估的各项程序要求。“如果一项措施不是基于‘风险评估’，则可认定为并非依据第5.1条所规定的‘科学准则’”。其次，欧盟及其成员国未能表明存在“不充分的科学证据”来就每一项有疑问的产品进行基于科学的风险评估。专家小组认为，欧盟相关的科学委员会确实审查并评估了共同体机构或成员国提供人类健康和环境风险信息，但没有考察这些信息是否对应于它们得出的结论。因此，专家小组认定，存在“充分的科学证据”。第三，任何风险评估若未能满足第5.1条所规定的条件，就不能成其为一项可信的风险评估，而只能说是规制方对它没有绝对的信心；欧盟及其成员国所依据的“科学不确定性”，不同于只有“不充分的”采取规制行动的科学证据。此外，专家小组延续了“牛肉激素案”的裁量，不承认对风险预防原则在国际法上的地位：“目前尚未有国际法庭或仲裁庭就承认风险预防原则作为一项习惯法或一般国际法原则做出权威性的解释”，且该原则尚缺乏确切表达，更拒绝援引《卡塔赫纳生物安全议定书》这一环境协定来适用风险预防原则。[13]
