第二，在真正权利人与善意第三人之间发生权利冲突时，作有利于善意第三人的制度设计，从而间接督促权利人办理登记。在登记之前，如果发生了第三人因信任登记而为基于法律行为的权利转让，真正权利人与第三人之间的对抗关系如何处理?我们认为，上述非依(基于)法律行为的不动产物权变动，虽可不经过登记产生物权效力，但如果第三人基于信任原登记而进行权利转让，并办理了登记的情况下，权利人不得以其权利对抗善意第三人。因此，对于基于法律行为之外原因的不动产物权变动来说，登记虽然不是其生效要件，但仍是其对抗善意第三人的要件。当然，这种登记对抗要件也有例外，最典型者，在承包人享有《合同法》第286条规定的法定优先受偿权的情形，即使承包人获得权利后未办理登记，其他当事人通过法律行为获得不动产所有权，仍然不得对抗承包人的法定的优先受偿权。[23]
最后，在适用《物权法》第31条时，还要注意以下问题：
第一，就“处分”行为的理解而言，在法律上包括法律上的处分和事实上的处分，但《物权法》此条的“处分”行为仅限于法律上的处分，而不包括事实上的处分，而且此条规定的“处分”行为是指通过法律行为所为的处分，不是“非依法律行为所为的处分”。既然是通过法律行为完成的处分行为，自然得遵循《物权法》第9条的规定，未经登记，不产生物权效力。因此通过第31条的规定，巧妙地将物权人非基于法律行为取得不动产物权的规则与基于法律行为之物权变动的规则进行了接轨。[24]而从反面来看，如果允许权利人未经登记就可以通过法律行为实现不动产物权的变动，必然导致此后发生的物权变动都可以在没有登记的情况下发生，从而彻底架空物权公示原则。也正因为如此，如果权利人通过“非依法律行为所为的处分”获得权利，此后又发生“非依法律行为所为的处分”情形，并不以登记为要件。如权利人通过继承方式获得财产后，在办理登记前权利人死亡，则权利人的继承人仍可以通过继承获得没有办理登记的财产。
第二，此处的登记并非物权的设权登记，而仅仅是一种宣示登记而已。因为在登记之前，物权变动的效力已经发生，登记并不发生创设物权的法律效果。而且这种登记并非绝对必要，只是因为未经登记，当事人不得处分其物权。因此，宣示登记实际上使得登记成为已经发生的物权变动事实的确认，而不是物权变动事实发生的依据。[25]
第三，在权利人为登记之前，权利人与他人签订的转移物权的债权合同有效。我们认为，在权利人办理登记之前，权利人与第三人之间订立的以该不动产为给付内容的买卖、赠与合同为有效，只是在未办理登记的情况下，双方当事人之间的物权效力不能发生。如果比较《物权法》第31条与《物权法草案》第35条的规定，更可以明确这一点。《物权法草案》第35条将“未经登记，不发生物权效力”表述为“未经登记，不得处分其物权”。而在不承认物权行为理论的前提下，实际上当事人之间订立的关于物权转移的债权合同在性质上也应当理解为一个处分行为。但如果将这个债权合同理解为处分行为，按照《物权法草案》第35条的规定，则意味着在未经登记时，权利人无权签订关于物权转移的债权合同，从而导致该合同无效，这与《物权法》第15条的规定显然不符。而按照《物权法》第31条的规定，则可以很好地完成衔接，即当事人之间订立的有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同不会因为没有办理登记而影响合同效力，没有办理登记只是影响其中物权变动的效力。
