（1）登记机构的审查义务。《物权法》第12条规定了登记机构的审查义务。在比较法上，登记机构对登记申请的审查主要采取了两种主张：实质审查主义和形式审查主义。形式审查，是指登记机构仅对当事人提交的申请材料进行审查，只要当事人递交的材料符合形式要件，材料上记载的事项有无瑕疵，则在所不问。实质审查，是指登记机构不仅应当对当事人提交的申请材料是否符合形式要件进行审查，而且要对申请材料内容的真伪进行审查，在特殊情况下，还要对法律关系的真实性进行审查。两者之间的最大区别在于是否要对引起物权变动的债权关系加以审查。从我国《物权法》第12条关于登记机构的职责规定来看，《物权法》并未单独采纳任何一种模式，而是采取了折衷的办法，既不是完全的实质审查，也不是完全的形式审查，而是以形式审查为主、实质审查为辅的一种模式。[13]修改《海域使用权登记办法》时，在确定登记机构的职责时应依此标准把握。
（2）登记机构的赔偿责任。《物权法》第21条规定了登记错误的赔偿责任，即：“当事人提供虚假材料申请登记，给他人造成损害的，应当承担赔偿责任。”“因登记错误，给他人造成损害的，登记机构应当承担赔偿责任。登记机构赔偿后，可以向造成登记错误的人追偿。”不过，这一规定比较原则，还有待具体化。[14]这是在修改《海域使用权登记办法》时应当具体规定的。该条确定了两种责任，一是如果登记申请人弄虚作假，提供虚假材料申请登记给他人造成了损害，首先应由登记申请人对他人的损害进行赔偿；二是追究登记申请人的责任并不能免除登记机关的责任，如果登记机构没有尽到适当的审查义务，也要对第三人的损害承担责任。第1款属于过错责任，第2款属于严格责任。除了第1款规定的情况外，登记机关都应该赔偿，包括无正当理由拖延登记时间、应当办理登记而无正当理由拒绝办理登记、登记簿与权属证书不一致，登记机构对权属证书拒不更正、办理异议登记后又办理变更登记等，都属于登记错误，应当适用严格责任。至于登记机构赔偿责任的性质是民事赔偿责任还是国家赔偿责任，《物权法》对此并没有作出明确规定。一方面，我国目前的登记机构虽然是事业单位，但其人员基本上还是公务员编制，依靠财政拨款，《物权法》第22条又规定了不动产登记的收费原则，这使得民事赔偿根本无法实现，但另一方面，如果实行国家赔偿，囿于国家赔偿范围的限制，受害人的损失又得不到完全的补救。从国外立法实践看，德国和瑞士为了弥补可能造成的对真正权利人利益的损害，设立了登记赔偿金制度，也有的国家如阿尔巴尼亚采取了限额赔偿制度，[15]可资借鉴。
