合作社的限制资本分红和按交易额分配的分配原则，也是合作社的产权是否清晰受质疑的原因。确实，从罗虚代尔公平先锋社开始，国际合作社运动始终限制资本分红和坚持按交易额分配，以体现劳动雇佣资本，反对资本雇佣劳动的基本理念。虽然合作社的原则曾经几度修正，但这一原则却始终没有改变。笔者认为，这并不意味着合作社缺乏清晰的产权安排。首先，合作社的这一原则只是限制资本分红，没有禁止资本分红，社员得到的约等于银行利息的股息，应当属于资本所得。对于这一部分所得，合作社的分配制度中不仅有清晰的产权主体，而且承认产权主体的产权差异，因为根据成员不同的出资额，他们的资本所得也有相应的区别。其次，按交易额分配也是按照产权分配的一种形式，因为合作社的盈余（起码是部分）是在合作社和成员的交易中形成的，社员的交易额等于向合作社投资，按交易额分配也就是按社员的股份分配，这种制度很好的将社员权利与资本权利有机地结合起来。如美国新一代农业合作社制度就要求，股金额度与交售农产品数量相联系，一个社员必须承购与其农产品交售额相应的股金。如果社员不能提供合同规定数量和质量标准的农产品，合作社就从市场上购买产品，并按市场价格记入该社员账户。[6]在我国，还有一种质疑合作社产权清晰的观点，认为在农村信用合作社的资本总额中，社员的股本只占极少的份额，大量是信用社长期形成的公共积累，而公共积累中又有相当部分是属于国家减免税等政策优惠形成的，所以信用合作社的产权属于社员所有、集体所有、还是国家所有就十分模糊。笔者对这种观点不能苟同。农村信用合作社的原始股金是由社员入股组成的，所以产权应当属于入股社员。国家优惠政策给信用合作社形成的利益和积累，应当属于入股社员的所有者权益，不能影响产权的归属。我国《农民专业合作社法》第三十七条也规定，接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产量化到成员，按比例分配给社员。
合作社是客户所有的股份经济，其产权是清晰的。美国经济学家、诺贝尔奖得主亨利.汉曼斯在对农业合作社的产权的分析中，十分肯定合作社具有的低成本的产权优势。因为合作社成员间利益的同质性，即合作社成员与合作社之间交易的相似性，或者更正确的说是指合作社所作的决定对每个社员影响的相似性。[7]新制度经济学对合作社的态度表现在两个方面：一方面承认合作社的产生和存在的根据在于它既利用了其成员固有的当地信息源和信任资本，又利用了自我雇佣的优势，因而可以降低交易费用；另一方面认为同企业相比，合作社的制度安排会造成低效率。可见，新制度经济学虽然置疑合作社的效力，但也承认合作社的产权优势。
