（二）海上安全执行机构。自1977年日本实行12海里领海法和200海里专属经济区以来，日本在重点保障海上自卫队建设的同时，还相应发展了海上保安厅力量。海上自卫队对海上通道安全的保护体现在威慑和宏观层面，具体海上安全合作和海上通道保卫则由海上保安厅来完成。[4]
近年来，海外派兵、参与反恐和反导等活动已经扩大了日本自卫队的实际职能。日本计划在今后几年内斥资3500亿日元更新海上自卫队计划舰队，目的就是为加强在东海海域的保护行动。[5]2006年1月3日，日本以强化领空保卫为由，恢复航空自卫队战机在海上巡逻期间的空中交战权，成为日本派战机护卫东海能源开发行动的法律基础。日本海上自卫舰队主要担负海上机动作战任务，地方部队则担负近海防御任务如沿岸防御、基地警戒、反潜护航、扫雷、后勤补给、装备维修等。海上机动作战包括反潜护航、海峡封锁、保护1000海里海上交通线、水面打击、扫雷布雷等。日本将海上自卫队的主要作战兵力相对固定地部署在横须贺和佐世保等地。日本1000海里海上航运带的东侧列岛屏障也在横须贺警备区内，至美国的东南海上航线的反潜护航任务也将主要由部署在横须贺的部队承担。佐世保位于对马海峡的出口处，在佐世保部署重兵力，其主要目的是为了战时控制和封锁对马海峡和朝鲜海峡，同时也是为了确保日本通向东南亚的西南航线的安全。[6]
日本《海上保安厅法》规定，海上保安厅隶属于日本国土交通省，是执行政府海上命令、维护海上治安、预防海上犯罪、实施海难求助、保障船舶航行安全的专门机构。海上保安厅反恐怖部队包括“特殊警备队”和“特别警备队”，都已参加东南亚反海盗巡逻和反恐活动的巡逻警戒活动。[7]随着海洋问题的日益重要，日本海上保安厅不断调整任务重点，职责范围亦逐步扩大。加大“领海”警备巡逻力度，海上运输船舶的安全保障成为其安全防范重点。在维护海上治安方面，其主要负责海上警备工作，负责打击海上毒品、武器走私以及偷渡活动，维护正常的渔业秩序，防止外国船舶在日本领海内进行非法活动，维护海上法律秩序。在确保海上交通安全方面，其主要负责确保船舶航行安全，提高航运效率，防止在海上运输及渔业活动中发生海上事故，加强海上休闲活动的安全管理。同时，海上保安厅还多次开展亚洲地区的多边、双边海上执法合作活动，力求通过这些活动扩大其影响。
日本海事中心是由日本财团、马六甲海峡协议会和日本海难防止协会于2002年在新加坡设立的非营利法人团体。其业务范围包括：为推动包括马六甲海峡在内的整个东南亚海域的航行安全对策、海洋污染防止对策以及海上治安对策而进行情报收集分析及国际合作。它接受国土交通省、海上保安厅的业务指导。在目前的形势下，日本通过情报、信息共享、为马来西亚和印尼的海上警备人员提供训练和研修、向印尼提供海上巡逻艇等方式进一步加强与海峡沿岸国在海上安全领域的双边与多边合作。
