由于各地经济发展水平不同，“一刀切”式的改革恐怕也难以行得通。目前我国一些经济较发达地区的农信社已完全具备了实行完全商业化运作所需要的基本条件，事实上有的已经走上了地方性小商业银行的道路。这些地区信用社的社员股金占比极小，合作制原则基本丧失，将信用社改组为商业银行将更有利于发展。因此，应坚持因地制宜和多元化的组织模式，进行制度创新。
（二）加快农村信用社体制改革
（1）以改革和重塑信用社产权制度为重点。产权制度改革应成为农信社体制改革的重点。改革的目的，一是理顺股权结构，重新明确并落实出资者的权利与义务；二是扩充股本实力，提高抗风险能力；三是股权多元化，重点吸收农信社发展中最有活力的个体工商户及与农信社利益关系最密切、最持久的信用社员入股，增强农信社发展的后劲和内部运行的凝聚力，真正体现合股经营的原则。无论是选择何种改革形式，农信社产权改革都应坚持以下4条原则：一是股份分散，不被少数人控制；二是弃小求大，单户入股金额起点应大幅度提高，长期遗留下来的每股1元、2元的股金应处理清退；三是规模适度，股东人数及股本规模应与盈利分红相适应，股东也并非越多越好，关键是投资者要真正关心农信社的经营，而不仅仅是为了方便借款；四是责任落实，股东利益要与农信社利益结合在一起，股金不能异化为存款，投资者要真正承担起农信社风险产生后的责任。
根据国务院《深化农村信用社改革试点方案》，要做到明晰信用社现有产权，妥善处理历史积累和包袱。根据实际状况，对资产大于负债的信用社，其积累部分首先要按规定提足股金分红、应付未付利息、各类保险基金；其次按资产风险程度提取风险准备金（呆账100％、呆滞50％、逾期20％、正常1％），作为信用社的附属资本；仍有剩余的，可拿出一定比例对原有股金予以增值。对资不抵债但目前还难以撤销的信用社，先用现有积累冲抵历年挂账亏损，其余部分要落实经营责任，通过采取转换机制、加强管理、政策扶持等多种措施逐步消化。
按照股权结构多样化、投资主体多元化原则，根据不同地区情况，分别进行不同产权形式的试点，并因地制宜确定信用社的组织形式：
（1）在经济比较发达、城乡一体化程度较高的地区，“三农”的概念已经发生很大的变化，农业比重很低，有些只占5％1以下，作为农信社服务对象的农民，虽然身份没有变化，但大都已不再从事以传统种养耕作为主的农业生产和劳动，对支农服务的要求较少，农村信用社实际也已经实行商业化经营。对这些地区的农村信用社，可以实行股份制改造，组建农村商业银行，坚持商业化经营原则。但要妥善处理好商业化经营与服务“三农”的关系，改制为商业银行的农村信用社仅限于大中城市和其他经济比较发达、商业化程度较高、对支农服务要求较少的少数地区。当然，即使是实行了股份制改造的机构，也要根据当地农村产业结构状况，确定一定比例的资金用于支农。
