总之，国有资本经营预算与公共预算是相互独立的预算体系，但是又存在一定的联系。强调国有资本经营预算与公共预算的区别，是为了将两种不同的预算纳入不同的管理框架下，否则，混淆两者区别，可能造成两种预算资金之间的相互挤占，影响各自功能的发挥。在强调两者相分离的基础上，重视两者之间的联系，是为了保证国有资本经营预算与公共预算的有机衔接，从而维护政府预算的统一性与完整性。
二、国有资本经营预算的编制主体
关于国有资本经营预算的编制主体，学术界存在较大分歧，争论的核心在于财政部门与国有资产管理部门在国有资本经营预算的编制中究竟居于何种地位。
一种观点主张国有资本经营预算应当由财政部门编制。理由是：我国《预算法》第10条规定“国务院财政部门具体编制中央预算、决算草案，具体组织中央和地方预算的执行”。既然《预算法》规定财政部门为政府预算的唯一编制主体，由于国有资本经营预算是政府复式预算中的一种，由此，国有资本经营预算编制主体也应当为财政部门。[11]也有学者指出，根据政府预算的统一、完整的原则，国有资本预算的编制、审批与执行不应脱离国家财政预算部门之外，作为政府复式预算的重要组成部分，其编制主体仍应为国家财政部门，并纳入各级政府财政预算管理，同公共预算一并报请本级人民代表大会批准后执行。[12]还有学者指出，确定由财政部门编制国有资本经营预算，并不是否定国有资产管理部门的作用，国有资产管理部门不仅是国有资产经营预算编制的重要参与者，更是国有资本经营预算执行的首要承担者。[13]
第二种观点认为，国有资本经营预算应当由国有资产管理部门负责编制。国资委的三定方案和《企业国有资产监督管理暂行条例》，明确了国务院国资委是中央政府的特设机构，代表国务院履行对所出资企业的出资人职责，对其接受委托的国有资产进行监督和管理。根据《公司法》规定，对企业财务预算、财务决算和利润分配的审定，是出资人的重要职责。国资委的性质和职责决定了国有资本经营预算，应当由国有资产管理部门负责编制。
第三种观点主张，国有资本经营预算应当由国有资产管理部门和财政部门共同编制。国有资本预算的编制是一项复杂的工作，除要承受解决经济、政治、社会问题的压力外，技术方面也面临着许多操作难题，微观上需要做大量的细致工作。由国资委和财政部两家共同来编制国有资本预算是一种于部门利益双赢，于国有资产管理体制、于政府公共财政体系互利的做法。这样做从体制上不存在障碍，相对比较顺畅。[14]
