尽管辩诉交易制度得到了美国社会各界的一致好评，但其本身所有的弊病显而易见：
1.量刑定罪与犯罪事实的背离性。因为辩诉交易制度是一种妥协的结果，所以对罪犯的量刑定罪往往与案件事实、改造罪犯的需要或与社会期望对罪犯提出强有力的控诉的合法权益不一致。这样出现的结果只能是难以起到改造罪犯和威慑犯罪的目的。这也是为什么会在美国这样一个高度法制化的国家里犯罪率高据不下的主要原因。在美国有一个叫威廉斯的强奸杀人犯，他一生之中曾经五次因强奸或杀人被捕入狱，而五次被假释出狱。为什么一个罪恶满盈的强奸杀人犯会被屡捉屡放呢？实际上是威廉斯和他的律师在钻法律制度的空子。每次被逮捕后，威廉斯和他的律师通过辩诉交易承认数项罪行中的较轻的一项，从而避免法庭审判，而由法官对其承认的罪行直接审判。根据美国司法统计局对10.9万个释放人员的追踪调查，其中63%后来又被逮捕，他们重新犯罪的结果是：2300杀人罪，3900性暴力罪，1.7万抢劫罪，2.3万攻击罪。调查结果还显示，32%已经破案的杀人案是由假释、缓刑或保释人员所犯。[5]
2.辩诉交易制度透明度的有限性。检察官和辩护律师之间的辩诉交易并不是在由一名公正法官的主持并受公众注目之下的公开法庭上进行的；相反，他们可能是在咖啡厅喝咖啡时或在打高尔夫球时等闲暇时间做出的决定，这一过程主要依靠检察官和辩护律师的良知。当被告在法庭上做出有罪供认，并发誓州政府没有做出任何承诺来诱使其做出此种供认时，检察官和辩护律师就默不做声的证实被告的虚假陈述。然而，法官未被告知有关事实，因此，无法对辩诉交易的公正性和有效性做出判定。
3.导致“过分指控”权力滥用的可能性。检察官为了在辩诉交易过程中争取有利地位，往往针对被告提起比证据所支持的更为严重的指控。
4.关键程序性和宪法性证据规则排除的可能性。由于检察官不需要在法庭上提交任何证据和证人，即使案件无法通过正当法律程序条款的审查，威吓也可导致认罪。辩方可能处于不利地位，因为在某些州，证据开示规则把辩方律师的诉讼准备时间限定于辩诉交易进行之后，故辩诉交易就有可能剥夺被告的基本宪法权利。[6]
二、辩诉交易制度与我国刑法基本原则的冲突
