对于外部监督主体，如人民监督员，缺乏明确的法律依据，在相关的制度设计上比较谨慎，监督尚无法真正到位，也受到“自己选择监督者来监督自己”的诘问。而法院主要通过卷宗对证据进行审查，对自侦案件深层次的问题监督不到位。《律师法》与《刑事诉讼法》的冲突还没有解决之前，律师的权利也不能得到落实。社会监督没有实际的处分权利只能触及表面现象而很少涉及到实际问题，效果不佳。
（二）监督环节的自我封闭
在自侦案件中，对犯罪嫌疑人权益影响较大的主要有立案、批准逮捕、羁押、不起诉等环节。然而，从上述几个环节来看，对我国检察机关自侦案件的监督是一个完全封闭的系统。
1、 立案环节
主要针对自侦案件应当立案而不立案的进行监督，而对于自侦部门不应立案而立案的监督，基本上没有受到重视。根据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，审查逮捕部门和审查起诉部门行使对自侦案件的侦查监督权。两部门对自侦部门仅有立案建议权，不能直接适用《说明不立案理由通知书》和《通知立案书》。这种建议权不具有法律强制性，缺乏透明度，也会影响监督的力度。上级检察机关对下级检察机关的立案监督范围仅限于要案，未包括其他绝大多数普通的自侦案件，使一般的自侦案件得不到上一级检察机关的监督。可见，对自侦案件的立案监督属于内部监督。
2、批准逮捕环节
实践中逮捕有被普遍使用的倾向。检察机关自侦部门一旦对犯罪嫌疑人刑事拘留后，提请逮捕的，审查批捕部门一般都作出批准逮捕的决定。以捕代侦的现象突出。自侦案件逮捕的监督仍然限于内部的监督。虽然最近最高人民检察院出台了《规定》，但可能会出现片面强调配合侦查而放松监督，对不该逮捕的案件作出逮捕决定。
根据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，是否延长超期羁押时间以及提出纠正超期羁押的，仍然由检察机关内部决定和进行。更重要的是对于被超期羁押人而言，没有权利申请由中立的司法机关对超期羁押的合法性进行审查，而只能通过本人或律师向检察院的有关部门反映，或者向上级检察机关申诉。即使这种通过检察机关内部的救济途径，法律也没有明确规定。很显然，这种内部的监督对于犯罪嫌疑人的人权保障是苍白无力的。[4]
