3、不起诉审查环节
法定的三种不起诉，即法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉，均由检察机关自己决定。如果有被害人认为犯罪嫌疑人不符合不起诉条件，可通过自诉的途径进行救济。但是自侦案件本身的特殊性决定，有直接被害人的较少，因此会出现有罪不究、以罚代究的现象。另外，由于“酌定不起诉”的前提条件是被不起诉人“犯罪情节轻微”，尽管是对不起诉人程序有罪而非实质有罪的认定，但被不起诉人对该认定的不服，只能向检察机关申请申诉，而不能由另外一个中立的机关对其行为进行评断。
综上可见，自侦案件从立案侦查到决定不起诉的环节，均来自于检察机关的内部监督。当犯罪嫌疑人认为侦查行为侵犯其权利时，法律没有赋予其要求中立的司法机关对该行为的合法性进行司法审查的权利。体现了自侦案件侦查监督所存在的封闭性及其与公民权利的冲突。
（三）监督方式的滞后和效果的有限性
我国自侦案件的侦查监督实践中，除了在某些情况下侦监和公诉部门提前介入外，其他的情形都是对自侦案件的结果进行监督，对侦查部门送来的卷宗材料进行审查，无法知晓侦查进展的具体情况，因而对侦查部门的侦查活动很难同步监督并予以及时纠正，是一种事后监督。检察机关内部发现自侦部门侦查活动中有违法行为时，提出纠正意见的方式和效力均无法律规定，也未明确自侦部门拒不纠正错误时的法律后果，内部监督的效果非常有限。而通过当事人申诉、控告监督也主要是当事人获得自由后，这时违法结果早已发生，也属于事后的救济。
检察机关系统内部上级检察机关对下级检察机关侦查监督存在不到位的现象，如普遍实行的备案审查制度由于操作规程不严格，下级不及时报备案与上级不及时审查的情况很突出，即使是按时报、及时审，但因其设计的功能本身就是事后监督，不能及时、有效地制约侦查和阻止其违法状态的发展。另外，上级对下级的侦查监督，还大量通过定期或不定期的司法检查、调查核实对侦查人员的举报、追究错案责任或侦查事故责任、查处严重违法违纪的侦查行为等方式进行，这同样是事后监督，对于滥用侦查权的行为难以及时发现、制止和纠正。
在检察机关自侦案件侦查体系中对程序违法的外部监督也比较虚化，外部监督存在固有的缺陷，与监督对象即自侦活动始终处于游离状态。[5]
三、自侦案件侦查监督体系的改革措施
不论谁是监督者，不论赋予监督者多大的权力，人世间的权力，人世间的监督者都不是神，而是由人来担当的，因此，永远存在着谁来监督“监督者”，以纠正可能甚至必然会存在的监督者错误的问题。[6]现代法治国家的特征之一，就是立法者每授予一项权力，必须同时设置相应的权力制约机制，以保障权力与权力或权力与权利之间的制约与平衡，防止权力的滥用。[7]检察机关行使侦查权是法律监督权的派生权，检察机关对职务犯罪进行侦查，行使检察侦查权，体现了对国家权力的法律监督，起着防止国家权力异化，保证国家权力正确行使的作用。[8]因而更加有必要对其进行有效的监督。人民检察院作为国家的法律监督机关，要监督其他侦查机关的侦查活动，这并不意味着自身的侦查活动可以不受监督和约束。
