首先，要完善自侦案件备案审查制度。扩大备案的范围，所有的自侦案件，不论是否为大案要案，都应向上级检察机关备案。明确备案的期限，在每个环节的决定一旦作出后，应在法定的期限内报告上级检察院。对备案的案件材料，上级检察院要及时审查；对于涉及延长羁押期限等强制措施的，必须按规定层层报批，办理有关法定手续。上级检察院应当在法定期限内审查，逾期不予审查或因审查工作不到位造成后果的，应根据相关规定给予纪律处分。
其次，坚持和完善审查批捕“上提一级”的制度。2009年9月最高人民检察院颁布《规定》，省级以下人民检察院立案侦查的职务犯罪案件由上一级人民检察院审查逮捕。这一规定有助于加强上级人民检察院对下级人民检察院自侦案件的监督。审查批捕“上提一级”后，对当前批捕中存在的一些问题（如基层检察院和上级检察院把握逮捕条件和证据标准尺度的不统一，原先的办案流程不能适用，办案力量和业务能力不适应等）可以通过进一步完善内部规定予以解决。
再次，坚持和完善撤销案件、不起诉的报批制度。省级以下人民检察院对自侦案件拟撤销案件和不起诉决定的，应当报上一级人民检察院批准的规定，也有助于加强上级人民检察院对下级人民检察院自侦案件的领导和监督。应进一步完善内部规定解决实践中存在的问题。
（二）扩大外部监督的权威性
1、加强律师在自侦案件中的地位和作用，引入律师监督侦查的机制
以新《律师法》的实施为契机，切实保障侦查阶段辩护权的实现。新《律师法》对律师在侦查阶段的会见权、阅卷权、取证权作了较大的修改。律师制度的完善虽然对自侦案件的侦查工作带来了挑战，对自侦案件的规范性具有良好的效果。应抓紧修订《刑事诉讼法》，以保证《刑事诉讼法》与新修订的《律师法》在会见权、阅卷权和取证权规定上的一致性，以强化律师权利的可操作性。
检察机关自侦部门要提高侦查活动的公开性和透明度。一是侦查部门在讯问犯罪嫌疑人或采取强制措施时，应当明确告知其原因，并告知其聘请的律师；二是讯问犯罪嫌疑人时，有条件地聘请其律师在场为其提供申辩；三是侦查部门进行勘验检查、搜查、扣押时，允许犯罪嫌疑人聘请的律师在场，并有条件的允许其提出看法，发表意见；四是侦查部门在将鉴定结论告知犯罪嫌疑人的同时也告知其聘请的律师，律师对鉴定结论提出异议的，经犯罪嫌疑人同意，可以要求重新鉴定或补充鉴定。
