2、补充侦查问题。根据刑事诉讼法第140条、《人民检察院刑事诉讼规则》第262条、263条规定，异地检察机关审查起诉部门在审查起诉过程中，如果认为犯罪事实不清、证据不足或者遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人等情形，认为需要补充侦查的，应当向本院侦查部门提出补充侦查的书面意见，连同案卷材料一并退回侦查部门补充侦查。在案件异地公诉后，异地检察机关公诉部门认为需要补充侦查的，应退回本地检察机关的侦查部门补充侦查。而且对于退回本地检察机关补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查也以二次为限。补充侦查完毕移送审查起诉后，异地人民检察院重新计算审查起诉期限。另外，在法庭审理过程中，需要补充侦查的，也可以参照上述程序办理。
3、提前介入问题。在异地公诉制度中，针对重大、复杂、疑难的职务犯罪案件，应该由异地而不是本地检察机关的公诉部门对本地侦查活动提前介入。这是由于异地公诉部门最终负责对案件的审查起诉、提起公诉、出庭公诉等诉讼活动，最需要全面、详细、真实地掌握案件情况和证据情况；同时异地检察机关公诉部门提前介入侦查，也会加大对职务犯罪案件侦查的监督制约力度。为了确保异地公诉制度中提前介入的可行性，本地职务犯罪侦查部门立案侦查后，应将案件基本情况及时通报异地检察机关公诉部门，异地检察机关公诉部门根据情况，可以决定是否提前介入。
4、涉案款物问题。职务犯罪案件的查处一般会涉及到涉案款物的处理问题，一般情况下涉案款物在判决书生效后要上缴本地财政。而在异地公诉制度中，因为是异地起诉、异地审判，涉案款物应当上缴异地财政。这在一定程度上会影响到本地的职务犯罪查处工作，在当前司法机关办案经费非常紧张的情况下，其影响会更大。如何在本地及异地办案机关之间处理涉案款物也是一个非常关键的问题。[14]因此，应该积极与政府财政部门协调，依法合理处理好涉案款物问题。
5、办案协调问题。由于在异地公诉制度中，对职务犯罪案件的侦查、起诉，分别由两个不同的检察机关负责，两者之间不可避免地会产生一些意见、观点上的争执。对于其中一些重大问题，应有两地共同所属的上一级检察机关进行必要的协调。目前，山东、吉林、辽宁、江苏、深圳、郑州等多个省、市级检察机关均成立了专门案件管理机构，并且随着检察机关执法规范化建设的发展，会有越来越多的检察机关成立类似的专门案件管理机构。具体的协调工作，可以由上一级检察机关的案件管理机构统一承担起来。[15]协调不成的，由上一级检察机关作出决定，保证异地公诉的顺利进行。
