在这些反对声音之中，最为重要的观点是认为风险预防原则的滥用可能导致国家间的贸易保护主义。[42]因此，2000年欧盟委员会在《关于风险预防原则的公报》中指出，在风险预防原则和措施的实际操作中，必须防止披着环境保护外衣的贸易保护主义。欧盟对转基因食品的规制以及其与美国等国家引起的争议实际上体现了这种冲突。在著名的荷尔蒙牛肉案中，[43]欧盟要求澄清与扩大风险预防原则的适用，但是美国持反对态度。在该案中，欧盟认为经过起助长作用的荷尔蒙处理的肉制品会对人体的健康和环境产生风险，因而禁止从美国进口此类经过荷尔蒙处理过的肉制品。于是美国向世界贸易组织(WTO）提起了诉讼，WTO争端解决专家组在裁决该案件时，自然以是否遵循了风险评价程序和风险预防原则为基础。不过，在专家组及上诉机构的相关报告中，并没有对风险预防原则予以肯定。对此，欧盟有学者指出WTo专家组织和上诉机构可以借鉴欧洲法院的做法，将风险预防原则引入WTO规则之中，对该原则作更加灵活的解释。但对该提议，WTO并没有接受，认为风险预防原则被越来越多的成员国政府作为一种正当理由来使用，它实际上削弱了成员国政府所应承担的国际义务，尤其是WTO项下的义务，虽然在这个领域允许成员国政府给予保护人类、植物和动物健康目的减损其国际义务。[44]由此可见，风险预防原则要想成为一项国际通行的原则仍有一段漫长的道路要走。
实践中，欧盟的相关机构认为风险预防原则必须配合其他的制度与原则方可以发挥其积极的功能。首先，这些制度与原则包括信息公开原则。如2000年的《关于风险预防原则的公报》指出：“在决策者考虑可能采取的措施之前，有关是否应等待新科学资讯才采取行动之决定，应尽可能透明”，“理事会确认其将依据透明程序的处理方式，并让所有具利害关系的各方尽早参与决策过程。这将有助于决策者采取适当的措施以达到其对环境、健康所选择的保护程度。”之所以强调要配合以信息公开原则，原因在于风险预防原则从产生到实施都和风险的不确定性密切相关，某些时候预防手段本身也可能构成风险。这也就意味着该原则的适用要求具备一个潜在的前提，即行为人知悉自己行为的风险；公众也得到相应的、具体的或一般知识教育，以对自己的行为有所选择。现代社会风险不仅产生于生产活动过程之中，也产生于生活活动过程之中，如果仅有政府部门或知识精英了解行为的后果，风险预防措施的实施范围仍然有限，风险预防的目的也难以实现。
其次，风险预防原则的适用也要与比例原则相配合，才能克服不足、发挥应有的作用。由于风险预防原则在定义上的模糊性，适用时也缺乏明确的标准，很容易导致原则的滥用，例如会产生新的贸易壁垒、阻碍健康的国际贸易。为此，《关于风险预防原则的公报》指出“在合适、可行的时候，检验应当包括经济上的成本-收益分析方法”，这实际是指导实施风险预防原则时的比例性要求，一项依据风险预防原则而采取的措施，不但要有制定的必要性，同时需要具有法理上与经济成本上的合理性，并且要使风险预防措施与风险管理之间具有适当的联系。[45]
再次，风险预防原则还需要一定的制度来配合，这些制度包括了风险评估、公众讨论与考理政策合理性等程序与步骤。风险预防原则是当存在可以让人感知的不确定性的风险时，不得以科学尚未证实而延迟采取相关措施，也就是说没有确定的风险就可以适用风险预防原则，但这并不意味着风险就不需要评估，完全凭借主观臆断，风险评估应该建立在公开、公平的基础之下，运用科学手段，对风险是否存在、风险大小、风险是否可以预防、如何预防等作出科学、客观的评估。传统上，政策制定者依据科学的确定性就可以作出决策，但如今的政策制定不应忽略公众对风险的认同或质疑，因此，风险评估之后，要有一个时期让公众对风险评估结论进行评论，公众参与可能会发现科学证据中存在的问题，或者可能提出更好的解决方法，也更可能达成一致的意见。总之，政策决定应该在成本收益分析基础之上作出，适用比例原则让政策更具合理性。[46]
