对于同一个医疗事故案件，当存在相互矛盾的几个不同鉴定结论时，如何采信证据？笔者认为，法律的效力高于行政法规。根据刑事诉讼法所确立的证据规则，所有的证据都必须经过司法人员的审查判断。在对同一起医疗事故，存在几个性质不同的鉴定结论的情况下，究竟以哪一个鉴定结论为准，应由司法人员在审查判断后酌情决定，哪一个鉴定结论同司法人员查证的事实相符，同其他证据能互相印证，就应采信哪一个鉴定结论。
鉴定结论必须经过司法人员的审查之后，方可采信。那么，如何对其进行审查判断呢？笔者认为，鉴于司法人员专业知识的局限性，这种审查应主要是形式审查，审查的主要内容有：（1）鉴定主体是否合法。如鉴定人是否具有鉴定资格，鉴定委员会的组成是否符合法律规定等。（2）鉴定程序是否正当。如是否执行了回避制度，是否审阅了全部有关材料，是否听取了各方面的意见，在意见不统一的情况下，是否贯彻了少数服从多数的表决原则，并将少数人的意见记录在案，等等。（3）鉴定人是否受到威胁、利诱、收买等外界干扰，从而有可能影响鉴定结论的公正性的。（4）提供的鉴定材料是否充分、可靠。如果提供的材料不充分、不真实，必然影响鉴定结论的正确性。（5）鉴定书的格式和内容是否规范。鉴定书的内容主要包括：双方当事人的一般情况、双方争议的主要事项、主要分析意见、鉴定结论、鉴定时间等。办案人员在审查时应着重审查其推理的逻辑性、分析的合理性、因果关系是否清楚、运用标准是否准确得当等。另外，还须注意鉴定书的结尾部分，鉴定机构、鉴定人的签名盖章、鉴定日期是否准确无误、鉴定书文字上是否有涂改现象等。
在医疗事故鉴定结论的审查判断中，司法人员应注意克服两种不良倾向：一是过分迷信和依赖鉴定结论，不认真审查而盲目采信，出现问题就推给鉴定单位和鉴定人；二是凭办案经验和职权随意取舍鉴定结论，或者反复重新鉴定，致使案件超越审限、久拖不决。
在鉴定结论的审查过程中，司法人员可以就某些疑难问题向有关专家咨询，通过咨询不仅可以增加办案人员对鉴定结论的可信度，还可以增长办案人员有关方面的知识。除了司法人员的审查判断之外，鉴定结论还应当在庭审中接受控辩双方的质证、论证和辩论，这是核实鉴定结论以决定其是否作为定案依据的最后一道关口。这不仅要求依法定程序出示、查证，更应该要求鉴定人出庭认证，接受质询和提问，对于专业知识作一些具体解答。目前在我国司法实践中，鉴定人出庭制度和专家辩论制度尚未普遍建立起来，今后要加强这方面的工作，这对于促进医疗事故案件审判的公正性具有积极意义。
