二、互相配合原则已不适应刑事诉讼法多重目的的要求
由于我国的刑事诉讼制度是在特定的历史时期发展起来的，出于社会稳定、政治稳定的需要，以及法是统治阶级的工具，刑事诉讼法是司法机关准确实施刑法的工具这一基本理念和思维定势，一直将惩罚犯罪作为刑事诉讼的首要目的，认为刑事诉讼是国家专门机关查明犯罪，揭露犯罪，证实犯罪和追究犯罪的活动，刑事诉讼程序主要是作为国家实现这一目的而存在和设计的，此即刑事诉讼单一目的论。以此为目的而设计的刑事诉讼的基本特征是：重打击、惩罚而轻保护；重司法机关权力而轻其它诉讼权利；重实体而轻程序；重整体利益而轻个体利益；重司法机关而轻其它诉讼参与人；重权力的运作而轻权力的制约。在刑诉法的设计上，形成强职权主义为特征的刑事诉讼模式，在司法实践中，最终形成名为查明案件事实，实为严厉打击犯罪的以司法权力为核心，以行政权、党权等权力和其它社会力量相配合的追究犯罪、打击犯罪的超强机制。在这种机制下，公检法机关的相互配合不仅是合法的，是有充分的法律依据作保障的，而且无论执法者本身，还是社会大众，都将其看作是理所当然、顺理成章的事，而刑诉中的人权，特别是犯罪嫌疑人、被告人针对指控应具有的防御权却被大大地忽略了。在刑事诉讼中，我们往往只听到或喜欢听到一片高昂的打杀声，我们只站在“好人”的席位上雀跃于正义的伸张，邪恶的铲除，而很少理会作为“坏人”的人的基本权利，将刑事诉讼简化为“好人”与“坏人”的较量。久而久之，逐渐形成在刑诉中无人权的社会心理和执法心态。
如今，随着社会主义市场经济的建立，经济一体化的到来，我国的立法、执法环境也发生了相当大的变化，刑事诉讼不仅仅是为惩罚犯罪而存在，它有其独立的价值和多重的目的，刑事诉讼法既要打击犯罪又要保障人权，“我国刑事诉讼法不单纯是为惩罚犯罪而服务的程序法，同时也是从程序上规范国家司法权和保障公民基本人权特别是人身自由的保障性的法律。”[5]刑事诉讼程序设计的重心不能只考虑如何高效地惩罚犯罪，还应考虑国家司法权的合理运作、司法权力之间的制约及涉诉主体权利的保护，使处于劣势的被告人在刑事诉讼中的防御能力得到补充和加强。以政法机关目标一致为理念所派生的互相配合原则虽有利于控制和打击犯罪，但不利于控辩双方的平衡，不利于司法权力之间的实质性分工和制约，不利于构建一个科学、合理的能实现刑事诉讼多重目的的刑诉模式，最终妨碍司法公正的全面实现。
