科学的发展提高了人们认识案件事实的能力。但是，应当看到，刑事证明中的科学运用有其局限性。这种局限性主要表现在：第一，科学本身的不确定性问题。科学大体可以分为自然科学与社会科学。我们一向所笃信的自然科学有时并不能对法庭中存在的重大问题提供明确的答案。与自然科学相比，社会科学的不确定性更加突出。第二，伪科学问题。科学的发展是累积性的，科学家们提出的理论中，有些能够经得起时间的考验，有些则不能。裁判者依据现在人们所认为的“科学”做出裁判，其中有些可能是经不起时间考验的“伪科学”。第三，科学只能解决案件事实认识中的部分问题，而不可能解决全部问题。比如，在强奸案中，ＤＮＡ证据常常起重要的作用。但是，如果被告人承认与被害人有过性关系，但是声称被害人同意这样做，ＤＮＡ证据便什么也证明不了。第四，“冒牌”专家问题。科学不会自动地进入到刑事诉讼中来，它往往由专家带进来。科学倾向于向狭窄的专业化方向发展，但是，进入法庭的专家常常被视为他们所在的学科领域的通才，他们所提供的专家意见可能超越真正的专家证言的界限。此外，还有些专家尽管有专家的“头衔”或“资格”，但可能不具备应有的专业水平。第五，科学要向非专家提出，并由他们评价。专家将他们掌握的科学知识传达给裁判者，并由裁判者认定其是否可采。裁判者一般缺乏科学的专业知识，他们主要依靠常识和经验对科学知识进行判断。但是，科学知识有时是违反直觉的。裁判者面临着要在科学知识与常识理解之间做出决断的选择。由非专家对专家意见进行审查判断，其局限性是不言而喻的。以上情况表明，科学证据可能是刑事司法中发生误判的潜在原因。“没有哪种类型的证据能保证提供无可争议的证明，因为发现事实和审判的不确定性是人类条件所致的不可避免、无法弥补的特征。”[4]因此，在刑事司法中，我们应当对科学的应用持健康的怀疑态度，使其接受不断的批评和监督。从立法的角度看，刑事司法中的科学运用应当受到细致的管理和规制，以确保科学知识的运用能够推动刑事诉讼的顺利进行，并且尽量减少发生误判的可能性。在此方面，健全的司法鉴定制度起着至关重要的作用。我国目前的司法鉴定制度存在不少的问题，我们应当通过完善对司法鉴定机构的管理、加强对司法鉴定人资质的控制、赋予当事人自行委托鉴定人的权利、加强对鉴定结论的质证制度、发挥司法鉴定行业协会的作用、完善司法鉴定机构和司法鉴定人违法责任追究制度等，消除或缓解我国刑事司法活动中所面临的鉴定结论的地位日益提高与现行鉴定制度相对滞后之间的矛盾，促进科学证明方法的良好运用，增强司法裁判的公正性和可接受性。
