(二)现有的土地征收制度对农民权益的保障不足
农村土地所有权和使用权从其性质上讲，是具有一定的社会保障功能的权利。失去土地使用权，就失去了潜在的收益，获得使用权就有机会获得收益;土地又为农民的后代提供土地继承对象，因而它不仅是这一代农民生存保障而且也是后代农民生存保障的永久性资源;土地对农民有资产增值的功效，土地收入会随着经济的发展科技水平的提高而出现递增，土地会因为城市化进程的加快而升值，这些预期利益实质上就是农民基于集体土地使用权应该拥有的权利。征地补偿的有限性，并不能为失地农民带来长远的生存保障。农民被征地后，土地已经没有多少。农民无地耕种，也没有长久的正式工作，社会保障程度又低，再加上不正确使用补偿费，农民未来生活令人担忧。
(三)土地征收补偿主体不明确
《土地管理法》是土地征收制度建立的基本法律。按照《土地管理法》的规定，任何单位和个人建设用地必须依法申请使用国有土地。土地征收是国家为了公共利益的需要而采取的一种强制手段，国家强制将农村集体所有的土地收归国有，然后再将征收的土地出让给土地使用者使用，国家收取土地出让金，国家征收土地应当对被征地农民补偿。《土地承包法》规定承包土地被征用、征收、占用的有权依法获得补偿。《物权法》、《宪法》只是规定给予补偿，但对于是由国家给予补偿还是由用地单位给予补偿则没有明确规定。实践中的做法是由用地单位支付补偿。由于用地单位既要支付地价又要支付补偿，补偿费用中包括对被征地农民的社会保障费，用地单位的成本增加，盈利空间减小，因此压低补偿费用是用地单位的首选。
(四)在土地征收过程中，村委会权利的约束缺乏法律规定
农村集体所有土地的征收，按照法律规定是属于国家的强制性行为，具有国家职权性质，其主体必须是国家机关。而村委会是“村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织”，村委会在法律规定的范围内，组织群众自己办理自己的事情，它不是一级行政机关或者政权机关，也不是政府的派出机构。村委会在乡镇政府指导下开展工作，办理本村的自治事务。村委会享有哪些权利，《村委会组织法》没有明确授权。《土地承包法》只规定农民在承包土地、确定土地承包方案，经过村民大会三分之二以上村民或者村民代表会议三分之二以上代表同意才得以通过。《村委会组织法》规定村民会议决定涉及村民利益的重大事项。土地征收和补偿属于涉及村民利益的事项，应当由村民大会讨论决定。但是在征地过程中，有的村委会成员会议或者村民代表会议决定征地和补偿的事项，或者决定做出后再每家每户征求意见。村委会在征地补偿中享有极大的权力，缺乏法律规范的约束。
