新、旧行政组织法理论研究上的缺漏，促使我们反思，承载行政组织法研究的主线，究竟为何？贯穿这条主线，我们应该建立哪种模式的行政组织法研究框架？
三、重构：行政任务取向的行政组织法
对行政组织法研究主线的探寻，必须考虑设立行政组织所追求的目标。大多数公共组织都有着多重目标，但总是存在核心的目标，核心目标是组织内人员行动的方向，推动着公共组织的绩效改革，[8]也是行政组织法规范行政组织活动时，不可偏离的主轴。就行政组织而言，其核心目标当然是实现行政任务，尽管不同时期、不同层级、不同形态的行政组织所担负的行政任务有所差异，但从本质上看，都是达成特定行政任务的手段。秉承这一思路，当我们重新审视新、旧行政组织法研究的成果时，就会发现，行政任务在行政组织法研究中的长期空缺，正是传统行政组织法漠视中国单位制度下其他承担行政任务主体的原因所在，也导致了当下强调依法规范却忽略行政任务的单线型行政组织法研究进路。现在需要的是，根据行政任务的变迁，发展一种全方位的行政组织调控模式。
考虑到此番公共行政改革意在促进行政组织的效能革新，行政组织法理论固然要对新生的及过去被忽视的其他行政组织形态加以研究，但更为关键和迫切的，是对促进行政效能的新举措，给出法治规范的分析框架。除过去已经讨论的行政组织概念、行政组织法意义之外，新的行政组织法，应围绕行政任务，就行政组织的设置、内部运作、财政、人员和监督方式，作出全面规范。
（一）行政组织的设置
传统行政组织法理论关注到了行政组织设置的合法性问题，但偏重的是设置行为是否符合宪法及相关法律中涉及行政组织的条款。而由基本权的制度保障[9]功能引申出来的行政组织设置要求，却未被给予应有的份量。举例来说，《高等教育法》第10条第1款有关保障高等学校科学研究、文学艺术创作和其他文化活动自由的规定，虽是在提倡高校的学术自治，却可从中推演出组建大学时，应赋予其与学术自治相关的内部组织以相当程度的自主组织权。这种基本权的制度保障功能对行政组织法的影响，是将来设置行政组织时需要特别重视的法治层面的要求。
此外，对于传统行政组织法理论明确否定的“没有现行法上的组织建构依据可否设置行政组织”的问题，今天看来答案也并非如此泾渭分明。据实证分析表明，“公众正试图从个人自由尊严以及市场自主、社会自治等实质规范基点出发”，[10]组建一些缺乏明确现行法依据的行政组织。在代议制民主提供的形式合法性体系外，一种开放的、经验的、反思性的实质合法性进路，正在成为设置行政组织的正当性根基。行政组织法理论应该回应这种新动态，对行政组织设置的民主基础做多元性调整。
